錦衣衛有三大職能：錦衣衛的職能主要是“掌侍衛、緝捕、刑獄之事”。其首領稱為指揮使，一般由皇帝的親信武將擔任，而很少像很多影視劇裡演繹的由太監擔任。負責執掌侍衛、展列儀仗和隨同皇帝出巡的錦衣衛，基本上與傳統的禁衛軍沒什麼兩樣，只負責在殿中侍立，傳遞皇帝的命令，兼做保衛工作。

明太祖至明憲宗時期，正是錦衣衛從初建到權力達到一個高峰的時期。其職能，已由最初的儀仗隊和禁衛軍，轉變成了帝王直接管理的負責京師治安和懲治貪腐的特殊軍事機構。

不過在弘治到正德年間，錦衣衛的權力也有些起伏。在錦衣衛為皇帝不分晝夜地奔波的時候，東西二廠也在為皇帝服務。因而雙方多少有些“業務”上的競爭。在太監劉瑾得勢時，雙方的衝突就較為明顯，錦衣衛處於下風。而在錢寧任錦衣衛統領的時候，因為他深得明武宗喜愛，所以錦衣衛又壓了兩廠一頭。

至於“緝捕”，則是錦衣衛區別於其他各朝禁衛軍的特殊之處。負責緝捕的錦衣衛機構是南北鎮撫司，其中北鎮撫司專理皇帝欽定的案件，擁有自己的監獄（詔獄），可以自行逮捕、刑訊、處決犯人，不必經過一般司法機構。南北鎮撫司的普通軍士稱為校尉、力士，他們在執行緝盜拿奸任務時，被稱為“緹騎”。明朝一代，緹騎的數量，最少時為1000，最多時達6萬之多。到了明代後期，所剩無幾。

在錦衣衛極盛時，不僅東西二廠得向錦衣衛俯首，朝臣也得提防著這些日益脫離皇帝掌控的帝王爪牙。當時朝臣們在每日上朝前都要與家人訣別。若是晚上安全回到了家，那全家人都欣喜若狂，慶幸自己又多活了一天。

而隆慶之後，錦衣衛的權勢基本處於規定的範圍之內，沒有太多逾矩。偶有錦衣衛與東西二廠勾結，也基本由兩廠佔據主導。所以到了明朝末期，錦衣衛基本淪為兩廠的附庸，其權勢遠不如中期。

“掌刑獄”是錦衣衛的第三項職能。據《明史》記載，錦衣衛常用的刑具有18套，包括杖刑、夾棍、腦箍、攔馬棍、釘指等。杖刑的執行特別有講究。一旦有哪位倒了黴的官員觸怒了皇帝，被宣佈加以廷杖，輕則重傷，重則當場被打死。

由此我們可以看出，錦衣衛別的功能都沒有，它完全就是一個殺人機器，像死物一樣，只服從上司的命令，而且都是武功的數一數二的絕頂高手，但是在李自成起兵開始那時就基本沒有什麼錦衣衛了，如果還存在的話，會在李自成起義的這個過程中起很多破壞作用，一直阻礙李自成的發展，到處暗殺，收集軍事和政治情報。但是李自成起兵根本沒有受到這樣的阻礙，所以可以推知，明代後期，錦衣衛早已經名存實亡。