《明史·神宗本紀》記載，“故論者謂明之亡，實亡於神宗，豈不諒歟。”，著名的明清史大家孟森也說；“明之衰，衰於正、嘉以後，至萬曆朝則加甚焉。明亡之徽兆，至萬曆而定”。

政局敗壞，黨爭不休。

自張居正倒臺，神宗怠於政事，萬曆皇帝繼位48年，卻創造了27沒有上朝的記錄。統治集團內部矛盾不斷，先是出現了“國本之爭”，而後又在宮廷中發生了梃擊案、紅丸案、移宮案。史稱“明末三大案”這三起事件本身並不是很重要，但是卻標誌著明末紛亂和衰亡的開始。出現了以顧憲成、左光斗為代表的朝野士人與魏忠賢為代表的閹黨之爭。

崇禎皇帝即位後雖勤於政事企圖挽救即將滅亡的明朝，然他急於求成，生性多疑，歷史學家孟森說：“思宗而在萬曆以前，非亡國之君；在天啟之後，則必亡而已矣！”。思宗雖有心為治，卻無治國良方，以致釀成亡國悲劇，未必無過。孟森也說思宗“苛察自用，無知人之明”、“不知恤民”。思宗用人不彰、疑心過重、馭下太嚴，史稱“崇禎五十相”（在位十七年，更換五十位內閣大學士、首輔）。因而才有“天子守國門，君王死社稷”的悲慘結局。

財政危機：銀荒嚴重

明朝從初年“用鈔不用錢”到“錢鈔兼用”，再到“一切以銀錢支付”“民間交易，惟用金銀，鈔滯不行”，結果是“物價翔貴，而鈔法益壞不行”萬曆年間，張居正改革稅法，使用白銀計稅，張居正的變法，也從政府層面確立了白銀的法定貨幣地位。崇禎遭遇了銀荒危機，朝貨幣供應出了大問題，之所以如此，因為西班牙與荷蘭爆發戰爭，海路遭到荷蘭截斷，且又要大量金錢用於戰爭，而日本德川幕府開始閉關鎖國，於是西班牙白銀、日本白銀，都不再運到中國。

連年征戰，民不聊生

萬曆時期發動了抗倭援朝、寧夏之役、播州之役。史稱萬曆三大徵，多年的戰爭將明朝數年積蓄消耗一空，一時“國用空潰”。戰爭所需的糧餉 大多出自農民。賦稅繁重導致民怨沸騰，從而又引起新的戰爭。為了鎮壓農民起義與抵禦清兵，又開始了新的一輪徵稅。“遼餉”、“剿餉”和“練餉”尤為突出。三餉之外，又有所謂的“帶徵”和“預徵”。這又引起了新的農民起義。

災害頻發

萬曆至崇禎年間，旱災變得越來越頻繁，同時鼠疫也開始蔓延，波及華北數省的大鼠疫終於在山西爆發，明朝末年蔓延到了京畿地區，這直接導致了北京城的輕易被攻佔。“大戰、大災、大疫”的複合爆發。李自成攻入北京的同時也帶來了疾病“京師自春祖秋大疫，死亡畧盡”“大疫，南北數千裡，北至塞外，南逾黃河，十室鮮一脫者”，出現了“百日鬼行市上，嘯語人間的怪狀”。

此外，不得不談到萬曆年間努爾哈赤個人的優秀軍事才能。從十三遺甲起兵到統一女真，在此就不再贅敘。

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