司馬遷在受宮刑後被漢武帝任命為漢朝第一位中書令。中書令在漢朝是要害官職，後來有些宦官就以中書令專權。

不少人都認為司馬遷受刑後就與漢武帝鬧掰了，民間甚至有司馬遷之子改姓逃避漢武帝追殺的傳說，漢武帝命司馬遷為中書令的決定明顯與民間認識不符。那漢武帝為什麼要讓司馬遷當中書令呢？

漢武帝時期的重大改革之一就是建立“內外朝”，司馬遷的父親司馬談就是最早的內朝官之一。依靠父親司馬談的關係，剛走上仕途的司馬遷就當上了多少人夢寐以求的郎中，成為漢武帝身邊的近臣。

因此司馬氏父子與漢武帝的關係比很多人想象中要親密，畢竟善用人是漢武帝成就大業的主要原因。漢武帝讓司馬氏父子先後擔任負責掌天文、曆法、撰史的太史令，可見漢武帝也比較賞識司馬遷。

根據史書記載的蛛絲馬跡，漢武帝后來對司馬遷的無辜受刑是有些後悔的，覺得不應該因為自己的錯誤而荒廢司馬遷的才幹。而由於官職的特殊，漢武帝需要一位可以進入宮廷的大才子擔任中書令。

可以說中書令幾乎是為受過宮刑的司馬遷量身定做的官職，也符合漢武帝想適當補償司馬遷的想法。雖然中書令不能完全補償司馬遷，但能看出司馬遷在受刑後依然與漢武帝保持了相對良好的關係。