明崇禎十七年（1644年）正月，李自成在西安稱帝，建立“大順”王朝。隨後李自成率大軍東進，一路克大同、宣府、居庸關，至三月十五抵達幷包圍了京師（北京）。三月十九，起義軍破京師，李自成自德勝門進內城，直入皇宮內殿。同時，絕望之中的崇禎帝在隨侍太監王承恩的陪伴下於煤山自縊身亡，明中樞政權至此覆滅。同時，明朝在淮河以北的統治也宣告結束。
京師失陷後，李自成大順政權佔據陝西甘肅以東、淮河以北、河南山東等地，張獻忠佔據四川及鄂西，清朝佔據關外及漠南蒙古。而長江中下游及淮河以南、兩廣浙閩的廣大區域，依舊控制在殘存的明朝南方勢力手中。於是，留都南京的明朝勳臣及文武官員決定擁立之前為躲避戰亂而輾轉於南方的明宗室近支成員，以延續國祚，並對抗李自成、張獻忠起義軍和關外的清軍。
當年太祖皇帝朱元璋曾經擬定過皇室行為準則和承襲制度的規範標準——《皇明祖訓》，其中對於帝位大統承襲有著“有嫡立嫡、無嫡立長”的規定，而當時神宗之後的直系繼承人——光宗、熹宗、崇禎帝一系已經全部斷絕（熹宗絕嗣，崇禎帝雖然有三個兒子，但是都失陷在北方地亂世中，生死不知，無法作為嫡子來南京承襲皇位）。所以南方的皇位只能從神宗其他兒子中去選擇。
神宗的長子光宗一系已經斷絕，次子朱常漵早夭，那麼按照《皇明祖訓》的規範，自當立神宗第三子福王朱常洵或者他的後人。朱常洵已經在崇禎十四年（1641年）正月在洛陽被李自成起義軍處死，福世子朱由崧幸而逃脫，奔往懷慶府（河南沁陽）避難。崇禎十六年（1643年）五月，崇禎帝下詔，由朱由崧襲封福王。
崇禎十七年（1644年）正月，李自成於西安登基稱帝，並親率大軍東征京師，意欲一舉消滅明朝中樞政權。同時，他遣偏師向河南等地進攻，以策應主力進攻京師。懷慶府首當其衝，遭到農民軍的進攻。避難於此地的朱由崧心驚膽戰，只能繼續逃亡，投奔就藩於衛輝府（河南衛輝）的堂叔潞王朱常淓。三月初四，衛輝也傳來農民軍進攻的警迅，朱常淓、朱由崧叔侄不敢久留，拋棄封國，往淮安府逃亡。三月十八日朱由崧抵達淮安，暫居在本地官員杜光紹的宅邸中。
三月二十九，農民軍攻陷北京、崇禎帝在煤山自縊的驚天訊息傳到淮安。避難於此的朱由崧等宗室張皇失措、一時間不知如何是好。幸好此時留都南京及南方兩淮、江浙、湖廣、閩粵、雲貴等地依舊在明朝南方官員的控制之下，逃難的宗室們尚未有衣食之憂。四月初，南京留守諸臣都認為國家不可一日無君，所以開始商議擁立新主，以穩定南方人心。但各派勢力之間對帝位歸屬意見不一，相互抵制，多次論戰，也不能決定最終的人選。
按照太祖在開國之初所設立的《皇明祖訓》規定：兄終弟及、父死子繼，有嫡立嫡、無嫡立長按此順序，因光宗、熹宗、崇禎帝一系已經斷絕（崇禎帝皇子皆失陷在北方，無法繼位），所以此時皇位的第一人選應當為神宗在世最長的孫子福王朱由崧；但掌握了南京部分權力的東林黨錢謙益、呂大器、高弘圖等人由於在之前萬曆年間的“國本之爭”事件中，和福恭王（即朱由崧之父朱常洵）有過尖銳矛盾，導致對福藩一系一直心存芥蒂，同時也怕福王朱由崧登基後會因為當年的“爭儲”事件而報復東林黨眾，於是改變當年“國本之爭”中的“立嫡立長”原則，違心地提出“立賢”立場，想借機擁立神宗之弟潞簡王朱翊鏐之子潞王朱常淓為新君
（諷刺的是，當年東林黨的前輩們，正是堅決反對神宗“立賢”、抵制了皇帝想越過長子改立第三子的企圖，以“有嫡立嫡、無嫡立長”的祖訓，對抗神宗近二十年，最終迫使神宗放棄易儲主張，立長子朱常洛為儲君。想不到三十年後，這些東林後輩們，為了自身的利益，和黨爭的成敗，居然自己打臉，推翻前輩們的努力，堂而皇之地改變立場，其政治節操可見一斑。）。
而此時南京諸臣中權力最大的南京兵部尚書、同屬東林黨人的史可法到底節操稍高，做不出自打耳光的事情，但是他也不想擁立和自己這一黨有過節的福藩宗室，於是提出既立賢、也立親，不選擇福王，也不選擇潞王，而是以神宗第七子桂王朱常瀛為新君，這樣勉強可以平息各方意見。但是他一個人無法改變大大局，南京城中各方勢力吵鬧了一個月，也沒有最終確定新君人選。而此時北方的局勢再起變化：進京的李自成在討伐佔據山海關、據不投降的寧遠團練總兵吳三桂時，被暗中向清軍求援的吳三桂聯合入關清軍擊敗於一片石，慘敗回京，清軍奪取了北方主動權，即將大舉入關。
在這種嚴峻局面下，朱由崧決定先下手為強，他秘密聯絡原總督京營太監、現鳳陽守備太監盧九德（原先服侍過福恭王朱常洵），並透過他向駐守江北的三鎮武將求助（徐州高傑、滁州黃得功、壽州劉良佐）。三鎮武將囿於可以立下“定策從龍”的大功，於是立即同意了福王的主動求援請求，甩開他們名義上的統帥——鳳陽總督馬士英，決定出兵以武力支援福王赴南京登基，自己也好以此功成為定策元勳。
福王主動拉攏武將、意欲武力登基的訊息傳到南京後，正在和史可法討價還價的馬士英立即做出了選擇，以文臣的身份第一個向福王輸誠，表明願意支援福王繼位。隨即馬士英通知江北最後一鎮武將：淮安劉澤清，讓他率大軍護送暫居淮安的福王朱由崧來南京。南京各方勢力沒有料到福王主動出擊、拉攏了江北四鎮武將及鳳陽總督、守備太監，一舉確立了繼位優勢。大勢所趨之下，錢謙益、史可法等東林黨人也只好滿心不甘地接受福王即將登基這個現實。
崇禎十七年（1644年）四月二十六，南京文武官員議定：以福王繼統，然後將結果祭告太廟。得到訊息的鳳陽總督馬士英當即率江北四鎮黃得功、高傑、劉良佐、劉澤清將福王朱由崧從淮安接到軍中，連夜南下。四月二十七，福王抵達儀徵，南京禮部官員提前等候於此，舉行儀式迎接福王。。四月二十八，福王朱由崧到達浦口，勳臣魏國公徐弘基等人渡江迎駕。。五月初一，福王朱拜謁孝陵、懿文太子陵，隨後經朝陽門入南京。五月初三，福王自大明門入皇宮，至武英殿行監國禮。就在這一天，北方的吳三桂引清攝政王多爾袞並清軍進入京師。。
崇禎十七年（1644年）五月十五，福王朱由崧正式即皇帝位，以明年為弘光元年，依舊用“大明”為國號，這就是南明的開端。朱由崧即南明第一代皇帝——弘光帝。
弘光帝是依靠江北四鎮武將的支援即位的，所以成為皇帝后對於支援自己的四鎮大肆封賞、極度籠絡。而諸鎮則自以為“天子恩人”、“從龍元勳”，各自飛揚跋扈、割據地方，南明地方官員無法控制他們的軍隊，武將勢力自此開始尾大不掉，軍閥自立的局面逐漸形成。
而掌握中樞朝廷實權的馬士英等則利用弘光帝的信任，使用手中的權力，謀取私利、打擊政敵，東林黨人則不甘就此落敗，時刻策劃攻擊馬士英等人。自崇禎十七年底至弘光元年三月，南明朝廷先後發生“大悲案”、“南太子案”、“童妃案”，這些都是弘光朝內部為了打擊政敵、奪取權力的內部爭鬥，連續發生的內鬥使得弘光朝的凝聚力嚴重削弱、君臣離心離德、為將來的覆亡埋下了伏筆。
南明弘光元年、清順治元年（1645年）三月，因為“南太子案”中的疑雲密佈、及朝堂內鬥，駐守武昌的南明寧南侯左良玉受人說動，自稱奉“太子密詔”，從武昌順流而下，號稱“救太子、誅奸臣”，威逼南京。弘光帝則抽調江北四鎮兵力抵禦，導致淮河沿岸兵力不足。清軍則抓住南明防守空虛的機會南下，不到一個月，清軍連續攻破徐州、歸德、潁州、太和、泗州等地，渡過淮河，兵臨揚州。四月二十五，清軍擊敗駐守揚州的南明兵部尚書史可法，攻破揚州，揚州百姓死難八十萬，史稱“揚州十日”。隨後清軍渡過長江，攻克京口、鎮江。五月初十，一籌莫展的弘光帝棄守南京，出奔蕪湖，投奔守將靖國公黃得功。
南明弘光元年、清順治二年（1645年）五月二十二，黃得功在與清軍作戰時受重傷，不願投降而自刎而死。弘光帝被黃得功的手下總兵田雄、馬得功劫持，並獻給追擊而至的清兵。至此。在位不過一年的弘光帝被清軍擒獲，失去了皇位。九月，弘光帝被押至北京，安置居住。
南明隆武二年、清順治三年（1646年）四月初九，清攝政王多爾袞得到密報，稱故明衡王、荊王在京居住期間想起兵反清，於是下令將俘獲的故明宗室一律處死。五月，弘光帝朱由崧與潞王朱常淓、荊王朱慈煃、德王朱由櫟、衡王朱由棷以及“南太子”王之明等十七人被清軍斬首於菜市口，年四十歲。朱由崧被殺後，其妃黃氏之弟黃鹽梅收斂其遺體，安葬於河南孟津縣東山頭村，與黃妃合葬。
南明永曆十一年、清順治十四年（1657年）四月，南明最後一任皇帝永曆帝朱由榔給堂兄上廟號安宗，諡號奉天遵道寬和靜穆修文布武溫恭仁孝簡皇帝。朱由崧身後總算得到了一定的皇帝待遇。
南明弘光元年、清順治二年（1645年）六月，弘光帝被俘後，潞王朱常淓在群臣擁戴下於杭州監國，不過短短六天後，清軍抵達杭州，朱常淓不做抵抗，開城投降。九月間與弘光帝一同被押往北京。
南明弘光元年、清順治二年（1645年）六月，在弘光帝被俘、潞監國投降的局面下，明唐藩宗室、前唐王朱聿鍵在大臣南安伯鄭芝龍、巡撫都御史張肯堂、禮部尚書黃道周等的擁戴下，於福州即皇帝位，改當年為隆武元年，這就是南明第二代皇帝——隆武帝。
隆武帝登基後給已被清軍俘獲的弘光帝朱由崧上尊號為聖安皇帝，以此證明自己繼位的合法性。但是在弘光帝被俘後，明魯藩宗室、魯王朱以海也被鄭遵謙、張國維等大臣擁立為監國，繼立於紹興府。隆武帝和魯監國兩方之間一直為誰才是大明正統而爭論不休、互相攻訐，這就造成了南明政權內訌持續加重。
隆武帝朱聿鍵是明太祖第九世孫、太祖第二十三子唐定王朱桱的後裔，論輩分是崇禎帝朱由檢、弘光帝朱由崧的祖父輩，和大明帝系血緣關係非常遙遠，如果在太平時節，根本不會有繼位的可能。在他小的時候，因為父親唐世子朱器墭不受祖父唐端王朱碩熿的喜愛，導致父子皆被唐端王朱碩熿囚禁在王府承奉司長達十六年時間，期間幾乎餓死。在此期間，朱聿鍵沒有沉淪，而是埋頭苦讀，鑽研儒家典籍，一點也沒有虛度光陰。
崇禎二年（1629年），唐端王病重，唐世子朱器墭有望繼位，但是被覬覦儲位的庶弟們暗中毒死，唐端王竟然不加追究，還想乘勢立毒死兄長的庶子福山王朱器塽為嗣。幸好唐藩所在的南陽地方官員陳奇瑜上門弔唁唐世子時發現事情蹊蹺，於是警告唐端王，說世子死因不明，現在又要貿然改變承襲人選，一旦朝廷追究下來，唐藩必將遭受嚴懲。唐端王本來已經病入膏肓，時日無多，又害怕朝廷真的怪罪，於是放棄更立世子，而是將世子的長子、二十八歲的朱聿鍵立為“世孫”，作為唐藩繼承人。當年，唐端王朱碩熿薨逝，唐世孫朱聿鍵在三年守孝欺瞞後，於崇禎五年（1632年）正式繼任唐王。
朱聿鍵就任唐王后，因為少年時的坎坷歷程、以及多年的研習典籍，對於天下局勢和民間疾苦十分了解，他沒有和其他宗室藩王那樣驕奢享樂、縱情聲色，而是延請四方名士、豪傑到唐王府內，和他們一起研修儒學、探討局勢，又主動拿出唐藩祿米錢糧，用於修築南陽城池，救濟當地災民，在當時的宗藩中表現稱得上鶴立雞群，但同時也過於鋒芒畢露，遭到了朝廷和崇禎帝的猜忌。
崇禎九年（1636年）八月，清軍第三次破關入明，在北直隸等地四處攻伐，崇禎帝下詔調遣天下文武勤王，但這裡面不包括宗室藩王。
憂心國事的唐王朱聿鍵報國心切，主動上疏請求領兵勤王，崇禎帝自然不許。但朱聿鍵滿心熱血，竟然不顧自成祖以來“藩王不掌兵”的祖訓，擅自在南陽招募軍士，組成唐藩護軍，共計數千人，然後北上勤王。唐王出兵的訊息傳到京師後，滿朝震驚，崇禎帝大怒，嚴令其返回封地。朱聿鍵只得奉詔南返。
崇禎九年（1636年）十一月，清軍北返出關，暫時消除了清軍威脅的崇禎帝得以騰出手來處理私自出兵、違反祖制的唐王朱聿鍵。經過朝議，崇禎帝下詔廢黜朱聿鍵為庶人，發封鳳陽高牆關押，唐藩爵位由其弟朱聿鏼承襲。
自崇禎九年至崇禎十七年，朱聿鍵被關押在鳳陽八年，飽受監守太監欺凌，幾乎被折磨致死，後來在鳳陽巡撫路振飛的關照下，才稍稍得以改變處境。崇禎十六年（1643年），南陽被農民起義軍攻克，唐王朱聿鏼及大批唐藩宗室被殺，朱聿鍵的兩個弟弟朱聿鐭、朱聿鍔乘亂逃出，流亡於南直隸。
崇禎十七年（1644年）五月，崇禎帝在京師自縊殉國後，弘光帝被江南群臣擁立為新帝，承襲大統。在封鳳陽高牆的朱聿鍵則在廣昌伯劉良佐（四鎮之一，駐守鳳陽）的奏請下，開釋出監，並復封為南陽王，遷往廣西平樂府（桂林南）居住。不過朱聿鍵有病且無所積蓄，不能立即前行。
南明弘光元年、清順治二年（1645年）六月，就在朱聿鍵啟程前往平樂府途中時，清軍南下，弘光帝倉惶出逃，然後被俘，監國於杭州的潞王朱常淓也隨後投降，南明一時無主，且世宗以下皇室近支宗室基本全部斷絕（僅存神宗第七子桂王朱常瀛及諸子，但是遠在廣西，不能前來繼位）。於是，在福建地方實力派南安伯鄭芝龍、禮部尚書黃道周、都御史張肯堂等人的擁戴下，屬於宗室遠支的朱聿鍵被擁戴為新帝，於閏六月二十七繼位於福州，並改弘光元年七月初一以後為隆武元年。這一年，隆武帝朱聿鍵已經四十三歲了，而他之前兩次被囚禁的時間加起來，超過了二十四年。
隆武帝繼位後，很有平復天下的決心，也一心恢復社稷，為此他大力採取整軍措施、並消除黨爭、整頓吏治，以求積蓄力量，出兵北伐，匡復大明。史料也稱隆武帝“積極進取、銳意恢復、頗有中興之主氣概”。但是隆武朝廷實際權力統統掌握在以鄭芝龍為首的鄭氏集團手中，隆武帝本人雖然英明睿智，但是無兵無權，只是鄭氏所供奉的一個的政治牌位而已、形同傀儡。隆武政權也要面對內部魯監國的內鬥、外部清軍的壓力、及鄭氏集團和其他官員鄂爭權奪利鬥爭，南明內訌的傳統在隆武政權內部絲毫沒有減輕跡象。
南明隆武二年、清順治三年（1646年），清軍趁魯監國和隆武帝之間內訌的機會，於五月間出兵南侵，首先擊敗魯監國軍隊，迫使魯王棄守紹興，躲避於舟山。然後大軍直撲福建而來，另外分兵攻取江西，準備截斷福建和內陸地區的聯絡。隆武帝詔令大學士黃道周外出募兵，抵抗清軍，但是鄭芝龍等不予援助，導致黃道周所部孤軍迎戰清軍，被清軍擊敗，黃道周被俘後寧死不降，在押送南京後不屈殉國。
隆武帝在清軍即將來襲的危急時刻，決心就此擺脫鄭芝龍集團的控制，逃離福建。鄭芝龍見隆武帝即將不受自己控制，於是密令福建北部駐守軍隊放棄防守，撤回南方老巢安平鎮（晉江安海鎮），清軍得以從仙霞關、分水關等地侵入福建，直逼福州。隆武帝聞訊後，從福州抵達延平（福建南平），準備離開福建，經江西前往湖廣。
南明隆武二年、清順治三年（1646年）八月二十一，在延平的隆武帝被清軍李成棟部追擊，急忙離開延平，前往汀州（福建長汀）。八月二十八，隆武帝一行抵達汀州，在城外關帝廟休息時，清兵追至，護衛將軍周之藩、熊緯等奮力斷後，隆武帝及其家眷等才能逃脫，周之藩、熊緯等人隨後戰死。
而隆武帝剛剛入汀州城、暫居於府衙之時，清軍又尾隨而來，直入無人防守的汀州城，最終在府衙之中追上隆武帝，將其與皇后曾氏、皇太子朱琳源三人全部殺害（也有說法是隆武帝被俘，然後絕食而死）。
南明永曆十一年、清順治十四年（1657年），隆武帝的遠房族孫永曆帝朱由榔為其上諡號為配天至道弘毅肅穆思文烈武敏仁廣孝襄皇帝，廟號紹宗。
作為南明最有恢復之心、最有作為的皇帝，隆武帝自即位至被害，在位一年另兩個月，時年四十四歲。他的一生，確實是悲催而生不逢時。
南明隆武二年、清順治三年（1646年）十月，隆武帝在汀州被害已經兩個月，隆武政權也基本覆滅。國不可一日無君，在兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜、廣西巡按王化澄、吏部左侍郎呂大器等文臣的擁戴下，神宗此時唯一的孫子、桂端王朱常瀛的第四子桂王朱由榔在肇慶府就任監國，但是十月十六贛州失陷，桂王唯恐重蹈隆武帝覆轍，於是棄守肇慶，逃往廣西梧州。
十一月初二，自海路逃往廣州的隆武帝之弟、嗣唐王朱聿鐭被留守廣東的隆武帝大學士蘇觀生會同大學士何吾騶、廣東布政使顧元鏡、吏部侍郎王應華、兵部曾道唯等擁立為監國。十一月初五，四十一歲的朱聿鐭按兄終弟及的原則，繼承隆武帝之位，登基稱帝，以明年為紹武元年。這就是南明第三代皇帝——紹武帝。
十一月十八，得到紹武帝登基訊息的桂王朱由榔在東返肇慶八天後也在丁魁楚、瞿式耜等人的支援下宣佈登基，改明年為永曆元年，這就是南明第四代、也是最後一代皇帝——永曆帝。
永曆帝登基後，以自己是神宗皇帝唯一孫子的身份，號令紹武帝退位歸藩。紹武政權自然不肯就範，雙方又開始了新一輪地內訌。十一月二十九，為了爭奪正統，雙方在廣東三水以西展開交戰，紹武政權先敗後勝，大破永曆政權軍隊，得到獲勝訊息的紹武帝及其首輔蘇觀生喜不自禁，命令在廣州張燈結綵、粉飾太平。
就在南明殘餘勢力展開內訌、消耗最後的實力同時，清軍佟養甲、李成棟部已經攻佔潮州、惠州，直逼廣州，沿途收降南明地方官員，並用當地官府的印信偽造平安文書遞交廣州紹武政權，以麻痺其君臣。
南明隆武二年、清順治三年（1646年）十二月十五，李成棟部抵達廣州近郊，然後派三百人喬裝打扮混入廣州，於鬧市間突然脫去偽裝，露出清軍服飾，一面大喊“清軍已到！”，一面四處砍殺，廣州城頓時大亂，清軍趁亂奪取城門，城外大軍隨即殺入。
紹武帝和蘇觀生君臣正在國子監視察，突然聞報清軍入城，還以為是謊報，後來得知訊息屬實，急忙調兵迎戰。但是紹武政權主力都在三水前線和永曆政權作戰，無法回師救援，而城內宿衛軍隊一時也召集不全，不能抵抗，這樣，廣州城在莫名其妙中失陷。
廣州陷落後，首輔蘇觀生自縊，紹武帝則想趁亂化妝成乞丐逃出城外，但是被清軍認出，抓獲後囚禁於廣州府衙。李成棟沒有立即殺害紹武帝，還送食物飲水給他。不過之前幾乎一無是處的紹武帝在這個時候倒是表現出了骨氣，不吃也不喝，並說：“我若飲汝一勺水，何以見先人於地下！”當晚趁守兵不備，紹武帝在監室用衣帶自縊而死，也算為國殉節了。
廣州失陷、紹武帝殉國後，南明正統之爭終於告一段落，永曆帝朱由榔在名義上成為南明殘餘勢力的共主（除了在鄭彩、張名振等人支援下、退居舟山，拒不去除監國稱號的魯王朱以海勢力之外），但此時南明政權已經日薄西山，行將崩潰。永曆帝在之後的日子裡四處逃竄，躲避清軍追殺，狼狽不堪。
南明永曆元年、清順治四年（1647年），永曆帝先後從肇慶逃奔梧州，又從梧州逃奔桂林、全州，最後經靖州抵達武岡，駐蹕於此，改武岡為奉天府。但是在武岡的時候，永曆帝幾乎被當地守將劉承胤暗中勾結清軍擒獲，慌亂中逃出城，直奔柳州，才避免被俘，但隨行的財物金帛都被柳州土司劫掠一空。幸好李自成大順軍餘部此時主動與永曆帝取得聯絡，並歸附南明，使得南明政權獲得外部助力。十二月，永曆帝在大順軍餘部郝搖旗的護衛下，自柳州抵達桂林。
南明永曆二年、清順治五年（1648年），清軍內部因爭奪權力導致內訌，原清軍將領江西提督金聲桓、廣東提督李成棟、廣西巡撫耿獻忠、大同總兵姜鑲等先後宣佈迴歸明朝，永曆政權名義上控制的疆域擴充套件為雲貴、兩廣、湖南、江西四川等地，北方山陝、甘肅一部也歸附南明，再加上保有福建和浙江等地的魯監國部及鄭氏集團中舉起反清旗號的鄭成功部，南明勢力大漲，局面一度大好。
但此時南明政權一直以來都存在的內訌傳統再一次顯現，永曆政權以正統自居，鄙視並猜忌歸附的大順軍餘部，對於反正的金聲桓、李成棟等人也不信任，各派勢力相互攻訐，所以內部矛盾依舊嚴重，非正統勢力倍受排擠打擊，永曆政權上下不能團結一致，清軍得以從容調兵，以各個擊破。
南明永曆三年、清順治六年（1649年）正月，清軍主力圍攻南昌並破城，南明南昌守將金聲桓自殺，同一天，南明湖南守將、大學士何騰蛟在湘潭被俘，六天後被殺害於長沙。三月初一，援救江西的南明廣東守將李成棟在江西信豐與清軍交戰失利，撤退途中溺死河中。好不容易歸附的湖南、江西等地全部失去。
南明永曆四年、清順治六年（1650年）正月，廣西也在清軍的攻擊中大部失陷，大臣瞿式耜，張同敞在桂林被清將孔有德俘獲，不屈被殺。南明政權疆域退縮到雲貴及四川南部一帶，原先獲得的土地全部失去。
南明永曆五年、清順治七年（1651年），原張獻忠大西軍餘部也加入了南明政權，永曆帝封其首領孫可望為秦王、李定國為晉王，以示聯合抗敵之意。孫可望將永曆帝安置到安龍府（今貴州安龍縣）居住，實際是被軟禁於此。逃亡多年後，永曆帝終於過上了雖然不自由但是卻安穩平靜的生活。
南明永曆七年、清順治九年（1653年），以大西軍餘部為主力的南明軍隊發動反擊，先後取得桂林大捷、衡陽大捷，擊斃清定南王孔有德、敬謹親王尼堪，收復了湖南、廣西、川南等地，清廷震動，幾乎要割南方七省和南明議和（雲、貴、粵、桂、湘、贛、閩）。但是南明的內訌傳統又一次顯現，孫可望嫉妒李定國的大功，逼走李定國遠赴廣東，導致大好局面功虧一簣。
南明永曆八年、清順治十一年（1654年），野心膨脹的孫可望欲自立為帝，因此和堅持擁立永曆帝的李定國產生矛盾，孫可望欲殺李定國。永曆九年（1655年），李定國出兵安龍府，把永曆帝從孫可望勢力中解救出來，護送到雲南昆明府居住。孫可望大怒，和李定國斷絕往來。南明永曆十一年、清順治十四年（1657年）八月，孫李兩軍在於曲靖交水河畔交戰，孫可望所部大部分都不願意和李定國交戰，紛紛陣前倒戈，孫可望只得狼狽地率數十人逃走。之後孫可望勢窮，向清軍投降，受封義王。然後孫可望將南明內部情況和軍事部署統統告知清朝，使得清軍在後續作戰中探究到南明政權的虛實，接連擊敗明軍，攻陷湖南、貴州、四川各地。
南明永曆十二年、清順治十五年（1658年），清軍兵分三路，攻入南明最後的疆域雲南，李定國勢單力薄，抵擋不住，只得奉永曆帝撤退，雲南淪陷。南明永曆十三年、清順治十六年（1659年），李定國在永昌（雲南保山）發動了自己一生中最後一次大規模戰役——磨盤山戰役，和清軍吳三桂部兩敗俱傷，清軍因此不敢繼續尾追，永曆帝得以由昆明經永昌撤退到騰越（雲南騰衝），並由騰越逃到緬甸境內。至此，南明在實際上已經滅亡，永曆政權在國境內失去了所有立足點（大順軍餘部夔東十三家、鄭成功福建勢力範圍除外）。此後李定國多次出兵入緬，想要接回永曆帝，都不能如願。
南明永曆十五年、清順治十八年（1661年）三月，緬甸發生內亂，王第莽白弒殺緬王莽達、自立為王。八月，莽白髮動咒水之難，盡殺永曆帝隨侍官員護衛侍從，並將永曆帝軟禁。十二月，清軍吳三桂部攻入緬甸索取永曆帝。莽白迫於清軍壓力，將永曆帝以及太后、皇后、皇太子等人全部交給清軍。清軍俘獲永曆帝全家後，退兵返回國內。
南明永曆十六年、清康熙元年（1661年）三月十三，永曆帝被清軍押回昆明，四月十五，永曆帝與其皇太子朱慈煊於昆明篦子坡遇害，時年四十歲。延平王鄭經聞訊後在臺灣追諡其為應天推道敏毅恭儉經文緯武禮仁克孝匡皇帝，上廟號昭宗。
永曆帝的遇害，標誌著大明皇統就此斷絕，同時也標誌著歷時十七年的南明政權歷史到此徹底結束。