在太平天國滅亡後，捻軍興起，東捻與西捻聯合。1857年聯軍衝入山東境後，經鉅野、梁山，復過鄆城、菏澤、曹縣、東明等縣回到河南省，衝入杞縣。10月23日，攻許州。在許州，聯軍分為東西兩支。據賴文光說：聯軍分為東西兩支，是為了分兵到陝西、甘肅尋找同盟軍，避免孤立。當時，陝、甘一帶回民起義正蓬勃發展，聯絡陝甘回民，壯大革命力量是正確的，但是，這樣分兵，卻也分散了聯軍的戰鬥力。
東路聯軍由遵王賴文光、魯王任化邦、首王範汝增、魏王李蘊泰率領。從河南進入山東，攻運河防線，清軍集中大軍阻擋。11月底，東路聯軍突然向西南退走，以急行軍到達湖北北部，把大量清軍拋在後面。12月22日克麻城，27日佔雲夢、應城，31日取天門。此後，淮軍頭目之一、福建提督郭松林尾隨聯軍，聯軍分兵在京山、鍾祥一帶以急行軍和敵人打圈子，迷惑敵人。敵人往來追逐，日行百里，人馬飢疲。聯軍達到疲敵的目的後，立即選擇有利地形，集中全軍於安陸府羅家集以待敵。1867年1月11日，敵軍從臼口鎮前進。時屆隆冬，道斷行人，巢鳥無聲。清軍進入伏擊圈後，聯軍伏兵盡起，分路包抄，步兵正面衝鋒愈進愈緊，騎兵包抄愈裹愈厚。鏖戰半日，全殲清軍，活捉郭松林。26日，又全殲敵右江鎮總兵張樹珊所部，陣斬張樹珊。2月19日，又幾乎全殲淮軍提督劉銘傳部，陣斃總兵唐殿魁、田履安等。但是，正在大勝之際，湘軍鮑超趕到東路聯軍背後，乘聯軍沒有防備，發動突然襲擊。聯軍轉勝為敗，遭受很大損失，退入皖鄂交界處。3月又西走，23日大敗清軍，陣斬記名布政使彭毓橘等，兵威大振。5月初，東路聯軍又北上河南、山東，“歷經宛、葉、通、許、中牟而至曹、考及金鄉、魚臺”。曾國藩聽到這個訊息，“神氣悽愴”地說“大局如此，斷難有瘳，吾恐仍不免北行，自顧精力頹唐，亦非了此一局之人，惟祈速死為愈耳”。1867年6月13日，聯軍衝過敵軍長期經營的運河防線，進佔東平，復經寧陽、滋陽、曲阜、泰安、鄒平、新城，過濰縣，趨平度、萊陽，6月30日逼近煙臺。
賴文光所部為什麼向膠東半島挺進？主要原因是想解決軍糧和進行休整。
賴文光一入膠東，敵人趕緊改變戰略，企圖把他們困在膠萊以東的一塊狹小的地區之內，並和外國資本主義侵略者相勾結，共同鎮壓這一支農民軍。具體的佈置是：第一道防線設在運河。運河防線原來是防止聯軍從西線攻擊東路的，現在又反過來阻擋聯軍由東路攻向西路。第二道防線設在膠萊河。企圖把聯軍隔在膠萊河以東。西方列強的兩艘兵艦從上海開到山東沿海巡邏海面，防止東路聯軍從海上取得聯絡和給養。還有一艘兵艦開赴運河巡邏，協助清軍防守運河。英、法兩國官兵還同清朝官吏一齊守衛煙臺。
1867年6月底，聯軍進攻煙臺。據美國領事從煙臺發出的報告說：當時清政府“官員無兵防守，很是驚恐”。同時地方性的武裝鬥爭“到處爆發，合成一支強大的武裝力量”，但是，外國侵略軍出場干涉，賴文光沒有能夠攻下煙臺。
1867年8月19日，賴文光突然
軍東進，在萊州附近，集中兵力衝破膠萊防線。但是，敵軍堅守黃河、運河、六塘河，把聯軍圍困在黃河以南、運河以東、六塘河以北的一塊地區內。聯軍突圍未成。11月19日，在江蘇贛榆，任化邦為叛徒槍殺。12月24日，東路聯軍主力在壽光覆敗，首王範汝增等戰死。1868年1月2日，賴文光率殘部搶渡六塘河，從清江、淮安，直走揚州。5日，行至揚州瓦窯鋪，被俘犧牲。
當東路聯軍失敗之際，西路聯軍在梁王張宗禹、幼沃王張禹爵等領導下，還在繼續戰鬥。
西路聯軍抱著“前進陝甘，往連回眾”的主張，由河南許州西上。他們避開駐守在潼關的敵人，繞道潼關以南的商州，越過秦嶺，直入華陰。這時，陝西回民起義軍已經退到甘肅的東部。陝西巡撫劉蓉為應付回民軍把所部湘軍駐紮在陝甘交界的隴州、邠州一帶。當他聽到西路聯軍到達華陰的訊息，又被迫東撤，以阻止西路聯軍西上。回民軍乘勢東下，西路聯軍和回民軍從東西兩面向渭水兩岸的關中地區突然猛插。
當劉蓉到達華陰前線，西部聯軍避開正面交鋒，於1866年12月14日進抵灞橋，逼近西安。劉蓉被迫回師西安。敵人來了，聯軍又從灞橋東南走藍田。劉蓉所部湘軍跟蹤尾追，12月31日靠近聯軍紮營。聯軍乘黑夜東南走商雒山路，復北走渭南，西走臨潼，和敵人盤旋兜圈子，把敵人搞得暈頭轉向。1867年1月22日，聯軍又逼近西安，以3萬精兵埋伏在灞橋的十里坡。劉蓉急不可待，帶著疲憊不堪的湘軍30營在背後追趕。1月23日，敵軍懵懵懂懂地進入包圍圈。聯軍回師突襲，步兵正面肉搏，兩旁伏軍分左右兩翼包抄，不到半天，結束戰鬥，殲敵30個營，斃漢中鎮總兵蕭德揚、記名提督楊得勝等。敵人自嘆：“喪兵過萬，鎮帥陣亡，全陝震動。”
十里坡大勝後，陝西回民軍由甘肅慶陽一帶乘機東下，前鋒至鳳翔等地。2月底，西路聯軍抵達郿縣之齊家寨，派遣代表過河和回民軍聯絡，一同抗拒清軍。後來雙方確定聯合作戰。4月到8月，兩支義軍在渭河南北，不斷地打擊清軍。
8月，左宗棠到陝西后提出“先捻（即西路聯軍）而後回”的戰略。並確定以一軍憑渭立營，將各處偷渡之路概與阻截，然後分兵兩大支，一由臨潼渡渭，一由咸陽渡渭，堵截聯軍北上之路，妄圖把聯軍圍困在渭水北岸和渭北山脈之間的狹長地區。西路聯軍和回民軍“時離時合”。10月24日，張宗禹所部西路聯軍自蒲城走白水，復自白水北上，進入陝北洛川。10月31日，張宗禹攻甘泉，邱遠才克安寨。11月17日，張宗禹自宜川北進克延川。西路聯軍與陝、甘回民軍合作，形成“捻自南而北千有餘裡，回自西（甘肅）而東（陝西）亦千有餘裡”的局面。
一支來自慶陽的回軍，在11月22日攻克綏德，西路聯軍應邀入城。西路聯軍入城後接到東路賴文光等處境困難的求援信，除留一支小分隊堅守陝北外，邱遠才、張宗禹率領大部人馬乘天寒黃河冰凍的機會，於12月17日由陝北宜川龍王汕、壺口渡過黃河，攻克山西吉州。他們計劃突襲清朝的老巢北京，把清軍主力吸引到自己這邊來以減輕東路聯軍的壓力。他們一路疾行軍，1868年2月3日到達保定境內，2月5日到達易州境內，前鋒一直深入到距離北京200華里左右的房山縣境內。50天內，大軍橫掃山西、河南、直隸三省，繼太平軍北伐之後，再度逼進清王朝的老巢。敵人極度驚慌。左宗棠寫信給他的老婆說：“我因捻（軍）渡河，憂憤欲死。”直隸總督官文、陝甘總督左宗棠“交部議處”，欽差大臣李鴻章也因此革去騎都尉世職，拔去雙眼花翎、褫去黃馬褂。北京戒嚴，清朝皇帝命恭親王奕［插圖］會同神機營王大臣辦理巡防事宜。
敵人集中各路兵馬保守京師。這時東路聯軍已失敗。張宗禹遂改變路線，自保定向東南克祁州、饒陽，經深州、成安復入河北臨漳縣境。4月1日戰於封丘，陣斃提督一人。4月12日，又大敗清軍於滑縣，陣斃清提督等人。14日，張宗禹等自河南內黃渡衛河北走，經山東平原北走德州，攻直隸南皮，過倉州，圍靜海，逼近天津，4月27日進至天津壕牆外12裡之稍直口。在天津受到清軍會同外國侵略者指揮的洋槍隊的抵抗，遂又沿海邊南下，到達山東境內。
（張宗禹）
張宗禹是太平天國和捻軍聯軍中的一位傑出的領袖。左宗棠自負謀略，以諸葛亮自比，自稱老亮，卻屢次被張宗禹打敗。李鴻章對人說：“張宗禹智似劉邦，老亮絕非敵手也。”但是張宗禹最後被圍困在黃河、運河、徒駭河之間。5月14日黃河水位陡漲數尺，運河水位亦增，這有利於清軍據河防守而不利於聯軍騎兵的活動。7月26日在濱州商河的戰鬥中，張宗禹受傷。7月31日再戰濟陽，聯軍損失慘重，邱遠才率800餘騎投降。但是，張宗禹仍然堅持戰鬥，並鼓勵同伴戰鬥到底。8月16日最後一次搶渡徒駭河的戰鬥中，張宗禹不幸遇難。太平軍餘部的鬥爭到此結束。
參考資料：《捻軍史》《晚清戰爭史》《清朝戰爭通史》