1865年四月，曾國蕃受命剿滅捻軍。此前，捻軍與天平天國餘部勾結，吸取了天平天國困守城池被逐個擊破的教訓，在戰術上“易步為騎”，建立了一支以騎兵為主，高度機動化、遊擊化的騎兵部隊，聲東擊西、運動作戰，大批的滿清高官戰死，連咸豐表兄僧格林沁也被擊斃。

曾國藩上任後堅壁清野，修建大量堡寨，意影象圍困天平天國一樣困死捻軍，但最終捻軍衝破突圍，也給曾國藩帶來了巨大損失。歷時一年半，曾國藩不得不承認剿捻失敗，徒勞無功。於是清廷改派李鴻章為欽差大臣，代替曾國藩的職務。曾國藩黯然回到兩江總督任上。

而在對外關係問題上，曾國藩認為夷務本難措置，然根本不外孔子“忠信篤敬”四字。因而堅持以“守定和議”，“保持和局”為準則。目的在保持鎮壓人民革命的實力。他曾上奏說：方今太平天國、捻軍、苗民等起義日益加劇，中國自己都無暇顧及，苟能與洋人相安無事為好，不要別開禍端。可見他把對內鎮壓、對外投降妥協作為國策。不僅如此，他甚至贊成“借洋助剿”。

同治九年（1870）曾國藩被派去查辦“天津教案”，正是以這種思想為指導。他奏稱：“中國目前之力，未便遽啟兵端。惟有委曲求全之一法”。結果判處良民死刑20名，充軍25名（包括天津知縣劉傑），賠款50萬兩，並派崇厚去法國道歉以了結此案。

曾國藩這種不問洋人錯對、死命打壓國人百姓的處理方法，遭到全國人民的強烈反對。居京的湖南士大夫聞訊立即開除他出同鄉會，砸了他所書寫的湖南會館匾額。

曾國藩晚年想到這一事情，頗為後悔。自己也承認：“外慚清議，內疚神明，為一生憾事”。但他仍認為“馭夷之法，以羈縻為上”。這些“攘外必先安內”的主張此後被李鴻章、袁世凱直到蔣介石奉為聖條，也使曾國藩背上上永遠的罵名。

曾國藩為曾子後人，一生風雲跌宕，無論文武，皆有較大建樹，尤以剿滅太平天國一事最為人稱道。他對清王朝的政治、軍事、文化、經濟等方面都產生了深遠的影響，乃至民國，曾國藩的許多做法、言行，仍被奉為至理名言。在曾國藩的倡議下，清朝建造了中國第一艘輪船，建立了第一所兵工學堂，印刷翻譯了第一批西方書籍，安排了第一批赴美留學生。可以說曾國藩是中國近代化建設的開拓者。曾國藩與胡林翼並稱“曾胡”，與李鴻章、左宗棠、張之洞並稱“晚清中興四大名臣”。官至兩江總督、直隸總督、武英殿大學士，諡號“文正”，後世稱“曾文正”。亦有人稱其為千年以來立功、立德、立言第一人，幾近完人。唯獨剿滅捻軍和對外關係主張兩事使其深受詬病。