幾個月內，李景隆接連打敗仗。建文帝罷免了他的官職，任命盛庸為平燕將軍，接替李景隆。

01濟南之戰

隨後，戰場從平坦的華北平原轉移到山東的丘陵地帶。燕軍從雄縣打到山東，隨即進攻山東省府濟南。堅守在這裡的山東參政鐵鉉，詐降誘使朱棣進城受降。

鐵鉉命士兵伏在城牆上，待朱棣進入城門時，丟下鐵板砸死他。結果，朱棣進城時，鐵板提前落下，正好砸到朱棣乘坐的馬頭上，坐騎當場死亡，朱棣慌忙換馬，奪路而逃。

朱棣非常生氣，決定用大炮攻城。鐵鉉在一塊木牌上寫下“太祖皇帝神牌”，掛在城牆上，燕軍只好停止炮擊。圍攻持續了3個多月，濟南一直攻不下來。

朱棣從來沒有在一座城下待過這麼久，因為他知道，濟南是核心戰略要地，拿下濟南，整個山東都會落入他的手中，南北糧道就掌握在他手中，明軍因為糧道被阻斷，在河北等地將不戰而潰。說到底，朱棣也和建文帝一樣，期盼速戰速決。建文帝不想耽擱，但朱棣卻拖不起。

02東昌之戰

1400年冬天，燕軍聽說明軍主力再次北上，新的決戰開始了。雙方試圖沿大運河作戰，以方便糧食轉運和部隊調動。燕軍佔領的滄州、德州等地，已被明軍收復，燕軍北撤。

之後，朱棣提前得到了情報，決定南下擾亂明軍糧路，派輕騎兵到大名焚燒糧船。燕軍先後從官陶渡運河到東阿、東平，威脅南方，逼迫盛庸南下。盛庸將計就計，決定在東昌（今山東聊城）作戰，並在陣中放置了大量的火槍和毒弩。

盛庸曾在濟南與鐵鉉並肩作戰，並有擊敗燕軍的戰績。這一次他在城邊列隊，準備迎接燕軍騎兵的猛攻。朱棣騎兵如期到達，向左翼發起進攻，但左翼卻一動不動。或許是想起之前對付李景隆的策略，朱棣帶著騎兵直衝中軍，果然，大陣被衝開了！

朱棣眼見自己的騎兵衝進盛庸的大陣，卻如撒鹽入水，漸漸消失不見。兩翼的明軍直接開始向中間聚攏。朱棣中計了！

最終，在燕軍名將張玉和朱能的拼死衝鋒下，朱棣避免了被俘的命運，而張玉大將卻在此戰中陣亡。

建文二年（公元1400年）十二月的東昌之戰，是明軍第一次大勝。朱允炆非常高興，祭拜了太廟。盛庸部聲勢大振。

03藁城之戰

建文三年（公元1401年），燕軍來到兩年前擊敗明軍的真定，將守軍引出城外，在藁（gao）城外發生了一場戰鬥，又是狂風相助，燕軍借風又大勝一次。

從白河溝，到夾河，再到藁城，朱棣得三次大風相助獲勝，朱棣相信這是天命，上天都在幫自己。

04燕軍南下

至此，燕軍起兵靖難已經兩年多了，儘管勝多敗少，但戰術上的勝利根本無法扭轉戰略上的劣勢。燕軍實力太小，始終無法與能夠調動全國資源的朝廷，打持久戰和消耗戰。

軍師姚道衍建議，不要再以攻城略地為戰略目標，應該直接南下，大部隊在外，南京兵力薄弱，直取京師。這是一場豪賭，朱棣果斷出手。

建文四年（公元1402年）正月，燕軍並沒有像以前那樣沿運河南下，而是繞過滄州等地，直接穿過華北平原，經過保定蠡縣，前往德州，隨後沿著大運河快速向南行軍。兩個月內到達徐州，徐州守軍堅守不出。燕軍也沒有糾纏。他們一路向南奔襲，不到一個月就到了安徽宿州。平安看到燕軍一路南下，率軍追擊。

05靈壁之戰

在齊眉山，燕軍的前鋒被徐輝祖擊敗。除酷暑外，燕軍進退兩難，將領紛紛要求北上。幸虧朱能此時鼎力支援朱棣，稱“漢高祖十戰九敗，才得到天下”。眾將大受鼓舞。

朱棣立即利用這難得計程車氣，取得了戰術上的勝利——攔截了明軍平安部的糧道，圍困了明軍，直接改變了戰爭的最終結果。明朝軍隊在離京師如此之近的地方，竟然陷入了缺糧的困境。

平安等將領決定以三聲炮響為訊號，組織士兵突圍。次日，三聲炮響如期而至，士兵們衝向靈璧各城門。城門開啟，他們被眼前的一幕驚呆了——一群扛著雲梯的燕軍士兵，正朝著靈璧城而來。原來燕軍選擇的攻城時間是在同一天，訊號同樣是三聲炮響！

就這樣，原本專注於突圍的明軍前方部隊不知去向何處，但後面計程車兵卻一心想出城突圍，擠作一團。燕軍騎兵乘勢而上，將明軍最後的抵抗力量全部消滅。

06渡江進京

之後，燕軍全速向南推進。十八天後，揚州陷落，金陵震動。朱允炆急忙派慶城郡主（朱元璋的侄女，朱棣的堂姐）與朱棣談判，表示願意議和割地。

朱棣說：“這不過是朝廷拖延時間的伎倆，只等遠道而來的援軍。”燕軍進軍距南京三十里的龍潭，建文帝坐不住了，朝廷大臣勸他逃往浙江，或者沿江而上到武昌，以謀再戰。但方孝孺上前說道：“城內還有二十萬禁軍，唯有守城等待援軍。就算於事無補，君王死社稷，才是正道！”

就這樣，建文帝失去了最後的機會。守衛南京城西北金川門的李景瓏和谷王朱橞，看到朱棣大軍到來，直接打開了城門，不戰而降。京城內主幹道旁，文武百官夾道跪迎王師。

回想這三年多的戰爭，建文帝曾有過無數奠定贏局的機會，但幾乎每一個機會，他都沒把握住。

大勢已去，建文帝點燃了祖父朱元璋留給他的華麗宮殿，在火光籠罩中，這個25歲的皇帝不知所蹤。