故事設定在人類與寵物精靈和平共存的世界，男主蒂姆一直沒有小精靈，作為自己的搭檔。
好友這天發現了一隻精靈卡拉卡拉，蒂姆鼓起勇氣上前用精靈球捕捉，但卡拉卡拉卻根本不認他這個主人，轟得一聲逃出來後，追著蒂姆就打，要不是兩人逃得快，估計就得被這奶兇奶兇的傢伙給收拾了。
回去的路上，蒂姆接到電話，萊姆市的父親遭遇車禍不幸身亡，坐火車去料理後事的蒂姆，還被一個有著大舌頭的小精靈給調戲了。
在萊姆市，小精靈們不用在野外遊蕩，而是可以和人類一起工作生活，大街小巷都可以看到小精靈在四處走動。
當他來到父親的公寓時，一個帶著可達鴨的女孩大漂亮攔住了他，身為記者的她告訴蒂姆，蒂姆的父親正在調查一件大事，這起車禍或許並不是意外，而是有人故意殺人滅口。
和父親早已多年未見而隔閡頗深的蒂姆，對此並沒有在意，徑直進入了父親的房間，順手就打開了桌上的一管藥水，頃刻間一股紫色煙霧騰空而起，原來這是一種神經毒氣，外面的一群長尾怪手頓時變得狂躁不已。
並不知情的蒂姆被嗆得不輕，罵罵咧咧的就將空管丟入垃圾桶，看著房間裡父親依然儲存著有關自己的物件，瞬間風沙迷了眼。
這時，沙發後傳來一陣異響，萬千粉絲期待的小精靈皮卡丘隆重登場，蒂姆也意外發現，自己竟然可以聽懂皮卡丘的話語，還沒弄清楚狀況，外面就衝進來一群狂躁的長尾怪手，兩人趕緊逃出房間，賣得一手好隊友的皮卡丘先溜為敬，可憐的蒂姆懵懵慬慬的一路逃命，最後連褲子都跑掉了。
回到人群中的他，大喊長尾怪手發瘋啦，但根本沒人理他，畢竟在大家的認知裡，所有的小精靈都是可愛又忠誠的，好在這種毒氣的持續時間有限，恢復正常的長尾怪手把褲子還了回來。
蒂姆確信真的只有自己能聽懂皮卡丘說的話，而皮卡丘也告訴他，自己正是他父親的寵物小精靈，但是出於某種原因，他失去了記憶，在得知主人已經死去，皮卡丘口裡的咖啡噴了蒂姆一臉，在他們小精靈的認知裡，如果主人死了，小精靈也會死，反之，現在蒂姆父親一定還活著，一定是岀於某種原因偽造了死亡而已。
在皮卡丘的勸說下，蒂姆決定留下來，查出父親死亡的背後真相，經過一夜的努力，皮卡丘把房間裡翻得一團亂，得知結論，主人的死肯定跟這個R病毒有關係，也就是那股紫色的神經毒氣。
想到了昨天的大漂亮，蒂姆戴上R病毒就找了過去，看到這個東西，大漂亮頓時緊張不已的將他們帶到了自己的辦公室，拿岀了好幾個管子，並說這是在碼頭找到的，蒂姆父親在那有線人。
趁著夜色，蒂姆帶著皮卡丘就趕了過去，剛好撞見了小精靈魔牆人偶，這個傢伙最擅長的就是製造隱形牆，見到皮卡丘後是滿臉驚慌，開始無實物表演騎車逃跑，原來他就是線人。
眼看這個傢伙軟硬不吃，蒂姆決定走進它的世界，配合它好好來了一把無實物表演，威脅它：再不從實招來就放汽油燒了你。這可把魔牆人偶嚇得不輕，自己可不能變成魔牆人灰，終於用手勢告訴他倆，這種R病毒來自於一個圓形房頂的屋子。
蒂姆和皮卡丘根據線索找到了一家用小精靈打擂臺的場所，這個光著上身穿大衣的大衣男，表示自己知道線索，但需要皮卡丘和自己的噴火龍戰一場後自己才會告訴他。
在蒂姆擔心的眼神中，皮卡丘一邊熱身，一邊就走進了賽場上，誰知大衣男竟然拿出一大管的R病毒，吸入煙霧的噴火龍頓時狂躁不已。
還是有點兒自知之明的皮卡丘，眼看形勢不對，撒腿就要跑，但為了拿到線索，蒂姆也只能讓皮卡丘使出自己最拿手的十萬伏特，誰知所有人都等著它放大招看好戲的時候，它彷彿便秘了老半天后，卻忘了怎麼發力了。
這下尷尬了，眼看噴火龍掙脫束縛，朝著可憐弱小又無助的皮卡丘衝過去，不能見死不救的蒂姆出手了，狠狠的踩上了噴火龍的尾巴。
眼看自己的噴火龍被人揪住了弱點，大衣男趕緊罵罵咧咧的衝了上去，誰知卻被噴火龍掀了個四腳朝天，這一摔可不得了，他大衣裡藏著不少的R病毒，全都被摔碎而擴散出來。
觀眾席上那些明明只是吃瓜的小精靈們，分分鐘開始暴走，整個比賽場地頓時化作大型蹦迪現場，所有主人們也紛紛撅著腚就跑。
從大衣男那得知，R病毒是由一個博士製造的後，皮卡丘揪出那條鯉魚王，踹了一腳後變成暴鯉龍，一口老痰就將混戰中的他們給衝到了外面，雖然躲過了噴火龍的攻擊，但也被撈進了局子裡。
父親同事亞裔叔根本就不相信他還活著，認為蒂姆只是悲傷過度，面對抓狂的蒂姆，亞裔叔不得不放出了他父親岀事當天的監控，如此嚴重的事故現場，沒有人能活下來。
只能面對現實的他們倆，只能彼此安慰，互相鼓勵一定要找出幕後黑手。這時，面前的車裡下來一個黑衣女，在黑衣女的帶領下，他們見到了輪椅上的黑心叔。
他告訴他們倆，正是自己委託蒂姆父親去調查R病毒的，而幕後黑手正是兒子金髮哥，趁著自己癱瘓後奪走了公司控制權，並用高階科技全息影像，讓蒂姆看到了從車子裡爬出來的父親。
而這一切都是超夢造成的，這是人類創造出來的能力最強的小精靈，皮卡丘的記憶也是她所刪除，並帶走了蒂姆的父親。很明顯，現在只要找到超夢，就可以找到父親。
大漂亮這邊提供了關鍵線索，超夢的硏究所爆炸的當晩，蒂姆的父親就出了車禍，所以他們要趕去那裡尋找答案。