從土地增值稅應稅收入角度來看，《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第五條規定，納稅人轉讓房地產所取得的收入，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。《國家稅務總局關於營改增后土地增值稅若干徵管規定的公告》（國家稅務總局公告2016年第70號）進一步明確，營改增後，適用增值稅一般計稅方法的納稅人，其轉讓房地產的土地增值稅應稅收入，不含增值稅銷項稅額。《國家稅務總局關於釋出〈房地產開發企業銷售自行開發的房地產專案增值稅徵收管理暫行辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2016年第18號）第四條也規定，房地產開發企業中的一般納稅人，銷售自行開發的房地產專案，適用一般計稅方法計稅，按照取得的全部價款和價外費用，扣除當期銷售房地產專案對應的土地價款後的餘額計算銷售額。《財政部 國家稅務總局關於營改增後契稅 房產稅 土地增值稅 個人所得稅計稅依據問題的通知》（財稅〔2016〕43號）第三條規定，土地增值稅納稅人轉讓房地產取得的收入，為不含增值稅收入。

從以上檔案規定可以看出，適用增值稅一般計稅方法的納稅人，其土地增值稅應稅收入計算分兩步：第一步，計算出增值稅銷項稅額；第二步，將向購房者收取的全部價款及有關的經濟收益（以下稱“含稅銷售收入”）減去增值稅銷項稅額，從而計算得出土地增值稅應稅收入。房地產開發企業一般納稅人銷售自行開發的房地產專案，其土地增值稅應稅收入=全部價款和價外費用-（全部價款和價外費用-當期允許扣除的土地價款）÷（1+9%）×9%=全部價款和價外費用÷（1+9%）+當期允許扣除的土地價款÷（1+9%）×9%。

從土地增值稅扣除專案角度看，《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第六條明確，取得土地使用權所支付的金額，為計算增值額可扣除的專案。換句話說，判定土地成本可否據實全額扣除的關鍵，在於判定土地成本是否屬於取得土地使用權所支付的金額。根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第七條第一款規定：“取得土地使用權所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用。”《國家稅務總局關於修訂土地增值稅納稅申報表的通知》（稅總函〔2016〕309號）也明確，清算表格第6欄“取得土地使用權所支付的金額”欄次，按納稅人為取得該房地產開發專案所需要的土地使用權，而實際支付（補交）的土地出讓金（地價款）及按國家統一規定交納的有關費用的數額填寫。也就是說，土地增值稅清算中可以扣除的土地成本，為取得土地使用權實際支付的金額，該金額體現為財政非稅收入票據上記載的金額。另據財政部、國家稅務總局《關於營改增後契稅 房產稅 土地增值稅 個人所得稅計稅依據問題的通知》（財稅［2016］43號）第3條規定：“ 《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》等規定的土地增值稅扣除專案涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除專案，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除專案。”

綜上所述，土地價款抵減的銷項稅額，應以增加土地增值稅應稅收入的形式體現，而非從土地成本中扣減。換句話說，土地成本在土地增值稅計算中不受抵減銷項稅額的影響，不做扣減處理。

需要提醒的是，針對這一問題，實踐中可能存在不同的觀點，如：福建省稅務局財產和行為稅處關於“營改增”後房地產開發企業支付的出讓地價款按差額計稅法抵減的銷項稅額在土地增值稅清算時的處理意見：營改增後，房地產開發企業（一般納稅人）支付的出讓地價款，按差額計稅法抵減的銷項稅額在土地增值稅清算時如何處理？經研究，並報局領導稽核同意，在總局未進一步明確前，暫按《財政部關於印發的通知》（財會［2016］22號）等有關規定，對抵減的銷項稅，在土地增值稅清算時，按衝減土地成本處理。即土地增值稅應稅收入直接按照全部價款和價外費用÷（1+9%）確定，土地成本直接按照取得土地價款÷（1+9%）確定。其結果顯然是對納稅人不利，雖然收入減少與土地成本減少是同等金額，但減少了加計扣除的基數。本人認為福建省的做法是錯誤的。