天興五年（公元402年，東晉安帝元興元年）十月，因為柔然的襲擾，拓跋珪停止了和後秦的戰爭。拓跋珪也趁此機會把更多精力放在了北魏的內政之上。
天興七年（公元404年，東晉安帝元興三年）三月，針對中原地區人口凋零、一片蕭條的情況，拓跋珪下令撤銷戶口不足一百家的縣份。八月，拓跋珪下令仿照古代的六卿制度設定六謁官，掌國家日常政務，秩五品。其下各設大夫、元士、署令等屬官。九月，拓跋珪進一步對官制和爵位進行全面革新。為此拓跋珪駕臨昭陽殿，親自遴選及調遷文武百官，評定等級，依據才能重新授官。
按照拓跋珪的規定，北魏的爵位共分四等：王爵封大郡、公爵封小郡、侯爵封大縣、伯爵封小縣。官位共分九品：一品最高，九品最低。一品至四品屬於北魏高層官員，一般只授予皇族或者有功者。舊部中有功勞而沒有爵位的，則依照順序追任。對於血緣疏遠的皇族以及異姓有爵位者的後裔，則一律降低爵位。至於列入五品到九品的，都是文官中才能優秀的，武官中有擔任將帥希望的。當政府官員有缺額時，從中遴選。但拓跋珪沒有采用漢魏的傳統官名，而是仿效上古龍官、鳥官的前例，將諸曹之使稱鳧鴨官，取飛得快之意，侯官伺察者稱白鷺官，取伸長脖子眺望遠方之意。
十月辛巳日，拓跋珪大赦國內並改元天賜。十一月，拓跋珪前往西宮，命宗室設立宗師，八個貴族部落以部落大小分別設立大師或者小師，州郡也同時設立師，負責辨別隸屬關係和遴選賢才，如同魏晉的中正。到了天賜二年（公元405年，東晉安帝義熙元年）二月癸亥日，拓跋珪又撤銷了尚書三十六曹等官署。
完成了中央的改革後，拓跋珪也開始對地方行政進行調整。天賜三年（公元406年，東晉安帝義熙二年）正月，拓跋珪下令每個州設定三個刺史，每個郡設定三個太守，每個縣設定三個令長。雖然設定了太守卻並不派人上任，至於先前由有功之臣管轄的州郡，則將這些人以原有爵位徵召回京。拓跋珪的這些變革意圖很明顯，就是加強皇權，加強中央對地方的控制，即削弱了功臣的權力，又讓地方官員相互制衡，有效避免出現割據勢力。
此時的天下形勢，北魏的情況無疑是最好的，其他諸國不是忙著內訌就是君主昏庸，北魏這邊則是兵強馬壯，國力殷實，拓跋珪也正值壯年，拓跋珪和他的北魏趁此機會一統天下也不是沒有可能。可就在這時，拓跋珪和他的北魏也出大問題了，更確切地說是拓跋珪出了問題。
提到魏晉時期有哪些東西在上層社會流行，很多人會說清淡、玄學、書法之類的。其實除了這些，還有一種叫寒食散的所謂仙藥。這藥又叫五石散，在魏晉名士中極為流行服用，據說服用之後讓人變得極其亢奮，久而久之這東西會讓人上癮。是不是和現在某樣極為罪惡的東西一樣？不知是什麼時候開始，以及被何人所蠱惑，拓跋珪竟然也開始服用寒食散。長期服用寒食散，讓拓跋珪的性情變得急躁煩悶，喜怒無常。甚至會因想起昔日的些許不滿，就要誅殺大臣。於是北魏國內的一場血雨腥風即將開始。
天賜四年（公元407年，東晉安帝義熙三年）五月，北魏常山王拓跋遵被賜死，理由是坐醉昏亂失禮於太原公主。六月，隨著北魏、後秦關係緩和，先前被後秦扣押的賀狄幹得以迴歸北魏。可等到拓跋珪見到賀狄干時，發現他的言語衣服都近似於中原，認為是賀狄幹推崇欽慕中原文化，背叛了北魏，所以心裡非常生氣，不久後就殺了他。 賀狄乾的弟弟也從後秦歸來，因為為人正直儒雅，也被拓跋珪殺死。八月，曾幫助拓跋珪多次平定叛亂的庾嶽也被殺害，因為有候官向拓跋珪報告：“司空庾嶽服飾鮮麗，行止風采，擬則人君。”到了第二年十二月，拓跋珪又把屠刀對準了莫題父子，原因是當年拓跋窟咄回來奪位時，莫題一度示好拓跋窟咄，並送箭給窟咄，對他說“三歲犢豈能勝過載邪！”結果拓跋珪一直為此忌恨莫題。這時有人告發莫題傲慢自大，仿照君主。拓跋珪就派人拿箭給他看，問他說：“三歲犢果何如？”莫題接到詔書，父子相對而哭，第二天早上就被殺，這莫題當初雖然有過二心，但當柏肆之戰，北魏國內流言四起之時，他也曾勸阻拓跋順自立，即便如此也不能逃過一劫。
到了天賜六年（公元409年，東晉安帝義熙五年）四月，雷電忽然擊中平城天安殿的東牆。拓跋珪很惱火，命人用攻城時的衝車撞擊東西牆，把牆全部撞倒。隨著寒食散的毒性加深，以及屢屢發生怪異之事，拓跋珪變得愈發狂躁，對大臣和左右侍從也越發疑神疑鬼，文武百官上前啟奏國事，但凡拓跋珪想起啟奏者過去的錯誤或罪過，就會立刻將其殺掉。不僅如此，只要有人面色稍變，或者呼吸不勻，或者步履不穩，或者話語出現差錯，都會被拓跋珪認為心中有鬼、居心不良，以至於被拓跋珪親手殺掉。北魏官員自此人心惶惶，無人認真處理政事，北魏國內的治安也開始變差。拓跋珪雖然也表示：“朕故縱之使然，待過災年，當更清治之耳。”但大臣們還是大多不敢與拓跋珪接近，只有崔宏之子崔浩恭謹勤奮，始終如一，有時整天不回家。
八月，拓跋珪的狀態還是沒有太大的改善。當時天象多變，怪異之事接連發生，拓跋珪就找人占卜。占卜之人說：“當有逆臣伏屍流血”才能化解。這就讓拓跋珪心中十分厭惡，於是又殺了很多公卿，想以此來消除天災。拓跋儀此時內心極度不安，原來先前他和宜都公穆崇陰謀作未遂，拓跋珪念及他們的功績，非但不治罪還將此事保密。現在占卜師的話讓拓跋珪大開殺戒，拓跋儀自己又曾是叛賊，於是他單人匹馬逃跑。拓跋珪知道後派人捉住他，並將他賜死 ，以平民禮儀安葬。
拓跋珪的這種殺戮還延續到了自己的後宮。此時拓跋珪準備冊立齊王拓跋嗣為太子。這時他腦海忽然閃現漢武帝誅殺鉤弋夫人的事，以及歷史上外戚干政的例子，又想起了自己的母親寵愛弟弟拓跋觚乃至憂慮而死，於是他下令讓拓跋嗣的母親劉貴人自殺，並由此定下了北魏獨特的子立母死的制度。
拓跋嗣生性孝順，直到母親就這樣死了頓時悲哀涕泣，不能自己，這就惹得拓跋珪大為惱火。拓跋嗣回到住處後，還是整天整夜地哭號悲泣，拓跋珪聽說後又召他進宮。但左右侍從勸阻拓跋嗣暫時不要進攻，出去暫避一下。於是，拓跋嗣逃到外面藏了起來，只有兩個心腹車路頭和王洛兒跟隨。
拓跋嗣沒有入宮無疑是明智之舉。因為此時的拓跋珪依舊脾氣暴躁，十月戊辰，賀夫人因小事惹惱了拓跋珪，拓跋珪一氣之下將其囚禁，還揚言要殺掉她，因趕上天黑，才沒有執行。這個賀夫人身份可不一般，他的姐姐就是拓跋珪的母親，所以他倆的關係是十分複雜的。賀夫人當然不想就這麼死了，心生怨恨的她秘密派人向她的兒子拓跋紹求救。
拓跋紹此時年僅十五歲，但為人兇惡殘忍、陰險叛逆，不遵守教導。接到母親的求援，拓跋紹惡向膽邊生，當夜與帳下武士以及幾個宦官密謀，跳牆進入宮中，來到天安殿。宮中侍衛發現異常，高喊道：“有賊！”拓跋珪驚醒起身，想摸弓箭腰刀自衛，但弓箭腰刀卻都不在身邊。隨後，拓跋紹衝了進來，一刀砍死拓跋珪，拓跋珪死時年僅39歲。拓跋珪死了，北魏又該走向何方？