第一，陸軍內部僵化教條，對暴行沒有懲罰。日本軍隊有一個關於軍紀的《軍隊內務書》，但主要是強調絕對服從、忠誠勇敢，對如何對待佔領區住民沒有任何規定和約束。大概看到軍紀過於鬆弛，1941年東條英機向全體陸軍下達了《戰陣訓》，裡面有這樣幾條：“鑑於皇軍之本義，仁慈之心應能愛護無辜之住民”，“為酒色奪心，為欲情所動，損皇軍之威信，誤奉公之身，不宜有之”，但這樣輕飄飄的訓誡，根本改變不了驕橫已久的軍隊。

第二，軍隊的迅速膨脹，士兵軍官素質迅速下滑。軍官方面，作為陸軍軍官培訓學校的日本陸軍士官學校，也在戰爭中急速膨脹，擴大規模招生，招了一大批良莠不齊的下級軍官候補生，正是這些人構成了中國老百姓最恨的“日軍小隊長”系列。而大多數門第高的、讀書好的日本青年，服兵役時都選擇加入海軍。

第三，日軍後期的連戰連敗，讓士氣和軍紀崩潰。

太平洋戰場告急，日軍不斷從大陸抽調兵力去南方作戰，而駐紮在中國計程車兵由於惰性早已軍紀鬆弛，對去南方很悲觀，居然發生了小規模的抗命、逃兵事件。這在以往的日本陸軍，是不可想象的。