自兩漢伊始，至三國魏晉時期，歷代中原王朝統治者為了補充兵源和勞動力，同時也是為了便於控制逐步內遷的各邊疆少數民族，經常性地強行遷移或以土地官職招引，把西北、東北，包括西南各地的少數民族移入中原王朝所控制的邊地附近居住，並加以羈縻統治。晉泰始元年（265年），執掌曹魏實際朝政的晉王司馬炎攜父祖三代基業，代魏自立，建立西晉王朝，司馬炎即晉武帝。
西晉建立之初，當年內遷的各少數民族經過近百年的輾轉遷徙，已經遍佈中原北方各地，尤其以幷州（山西）、關中（陝西中南部）為多。自晉初開始，由於西晉貴族及各少數民族豪強的壓迫和剝削、同時各少數民族內部也滋生了恢復之前被剝奪的權位和舊有的掠奪貪慾，導致西晉內部以各民族形式組織的動亂甚至戰爭不斷髮生，先後爆發了河西鮮卑禿髮樹機能之亂、匈奴劉猛的內侵之亂、匈奴郝散叛亂、匈奴劉度元聯合西北馬蘭羌、盧水胡舉叛亂等大小戰爭。
西晉內部高官曾經多次建議朝廷強制遷離諸胡，寫出了《徙戎論》，但西晉朝廷內部爭權奪利、內訌四起，根本沒有時間和精力來處理在他們看來屬於“疥癩之患”的諸胡，全心投入皇族內部彼此廝殺和權力爭奪中。當朝廷元氣大傷後，內遷的諸胡便趁機舉兵，加入天下爭奪的行列中。
當年先後遷入內地的諸少數民族，主要是：匈奴（南匈奴、包括盧水胡、鐵弗部）、鮮卑、羌、氐、羯等五族，在西晉“八王之亂”爆發前後，西晉中央朝廷已經失去了對地方勢力的影響力，司馬氏皇族間的內鬥開始擴散到各地方州縣，一片混亂之下，各族人民飽受離亂摧殘，西晉政權統治力量被大大削弱，王朝也走向了滅亡。而各地的少數民族則在大亂中紛紛立國，建立政權。
晉永寧元年（301年），巴氐人（原居住在西北，後遷居巴蜀的氐族）李特、李流兄弟因西晉地方官吏的貪暴壓榨而產生怨念，在綿竹（四川德陽）聚眾起義，一路進攻蜀中各地。李特、李流先後戰死或病逝，晉永興元年，李特之子李雄攻克成都，驅逐西晉官吏，自稱成都王。晉光熙元年、成建興三年（306年），李雄改稱皇帝，建國號為“大成國”。這是後來史書中記載的“東晉十六國”歷史的開端。
自成建興三年（306年）李雄在成都稱帝建國，到北魏太延五年（439年）北魏太武帝拓跋燾滅北涼，一百三十四年時間內，在中原北方及西南各地，五個少數民族以及漢族建立了大大小小的十六個主要政權，共有：前涼、成漢、前趙、後趙、前燕、前秦、後燕、後秦、西秦、後涼、南涼、西涼、北涼、南燕、北燕、赫連夏。其中漢族建立了前涼、西涼、北燕；匈奴建立了前趙（漢）、北涼（盧水胡）、夏（鐵弗）；羯建立了後趙；鮮卑建立了前燕、後燕、南燕、南涼、西秦；氐建立了前秦、後涼、成漢（巴氐）；羌建立了後秦。
此外，還有不屬於十六國系統的：西燕、冉魏、翟魏、代（北魏前身），因國祚較短、影響力不大，所以就不錄入十六國這段歷史了。
下面，就將十六國這段歷史詳細敘述展現出來，以滿足各位朋友的探究和了解的需求。
一、漢（成漢）：李雄稱帝后統治蜀中三十年，晉咸和九年、成玉衡二十四年（334年），李雄去世，遺命侄子李班繼位。同年，李雄之子李期殺李班，自行繼位。晉鹹康四年、成玉恆四年（338年），李雄堂弟李壽殺李期，自立為帝，改國號為漢。晉建元元年、漢漢興六年（343年），李壽去世，子李勢繼位。晉永和三年、漢嘉寧二年（347年），東晉權臣桓溫主持伐蜀，李勢不能抵擋，兵敗出降，成漢滅亡。
成漢在李雄統治時期戰事不興，政權也較少用嚴苛刑法，民間賦稅輕薄，是成漢全盛期。李雄去世後李氏宗族不斷為爭奪權力而內訌，走上了西晉滅亡的老路，蜀中安定局面為之敗壞，成漢上下離心、百姓困苦，統治基礎迅速崩壞，東晉趁機大舉進軍，一擊而消滅了成漢。成漢歷五主，四十三年。
二、漢（前趙）：西晉八王之亂中，成都王司馬穎秘密聯絡幷州南匈奴首領劉淵，結為外援，立劉淵為北單于。劉淵據此建汗庭於左國城（山西離石），並在西晉內部混亂的有利時機中趁機脫離司馬穎，起兵反晉。晉永安元年（304年），劉淵在左國城稱王，建國號漢（自稱漢朝外甥，劉姓而建漢），而後向西晉展開大舉進攻。晉永嘉二年（308年），劉淵自稱大漢皇帝。晉永嘉四年、漢光興元年（310年），劉淵病死，太子劉和繼位不久即被劉淵第四子劉聰弒殺，劉聰自立為帝。之後劉聰在晉永嘉五年、漢光興二年（311年）攻克洛陽，俘晉懷帝，又在晉建興四年、漢建元二年（316年）攻克長安，俘晉愍帝，西晉殘餘勢力全部覆滅，北方中原大地基本被漢所納入版圖。
晉太興元年、漢麟嘉三年（318年），劉聰病死，太子劉桀即位後被劉聰岳父靳準殺死，然後靳準又被漢貴族劉曜所殺，劉曜自立為帝。但是同為漢大臣的羯族人石勒拒不接受劉曜稱帝，率軍進攻劉曜。晉太興二年（319年），劉曜遷都長安，改國號為趙，因為石勒也建國號為趙，所以稱劉曜政權為前趙、石勒政權為後趙。
兩趙相互攻伐、征戰不休，在中原大地展開了十餘年的對峙。至晉咸和三年、前趙光初十一年、後趙太和元年（328年），兩軍大戰於洛陽西郊，劉曜飲酒過量兵敗被擒，前趙主力覆滅，次年，後趙攻佔長安，殺前趙太子劉熙，前趙（漢）滅亡。
三、前涼：前涼是晉涼州刺史張軌所建立，張軌在晉永寧元年（301年）就任護羌校尉、涼州刺史。在中原大亂之時，張軌於涼州首郡姑臧之外增築四城，徵召涼州九郡子弟，建立學校，設定崇文祭酒，舉行春秋兩祭，招攬內地流民安置涼州各地。一時間涼州人文薈萃，經濟繁盛，大氣雄闊，為北方之最。
姑臧城成為全國政治、經濟、文化的三大中心之一，於北方大動亂時期，力保華夏衣冠文化在北方的留存。
晉永嘉二年（308年），張軌因患中風而不能說話，以子張寔為中督護，代管涼州。涼州張氏堅守臣節，服從晉朝廷，數次出兵衛護晉帝，並不斷朝貢。晉授張軌侍中、太尉、涼州牧、西平公，張軌堅決辭謝。
晉建興二年（314年）五月，張軌病重去世，只以安西將軍、安樂鄉侯、護羌校尉、涼州刺史的名義下葬，以示身為晉臣。晉追贈張軌侍中，太尉，涼州牧，西平公。
此後，涼州張氏先後歷經張寔、張茂、張駿、張重華三代四任涼州刺史，一直使用晉愍帝建興年號，以晉臣自居，但實際上已是割據政權，史稱張氏政權為前涼。
前涼建興四十一年（前涼用晉愍帝年號、353年），張重華死，庶兄張祚廢張重華子張曜靈，自立為涼王，不再尊奉晉為正朔。其後張氏宗室內亂不已，經歷十餘年的奪位之爭，到前涼末代統治者張天錫時，前涼國勢已經大衰，並失去了隴西重地。
東晉太元元年、前秦建元十二年（376年），前秦大軍步騎十三萬進攻前涼，前涼主張天錫不能抵擋，被迫出降，前涼在涼州地方七十年的統治，歷五代九主的傳承至此滅亡。
四、後趙：晉永興二年（305年），羯人石勒加入匈奴人劉淵的軍隊，從此作為劉淵、劉聰父子的部將征戰四方。晉永嘉六年（312年）石勒進駐襄國（河北邢臺），並以此作為自己地根據地，發展成為佔據了河北、山東等地的割據勢力。晉太興二年（319年），劉曜自立為趙王后，石勒不服其稱帝，也自立為趙王，定都襄國，建立後趙。石勒稱天王后攻滅鮮卑段氏、佔據河南、皖北、魯北，成為北方極具實力的割據政權。
晉咸和三年、前趙光初十一年、後趙太和元年（328年），石勒在洛陽之戰中消滅了劉曜主力，次年又攻克長安，滅前趙，整個北方大地上，除了遼東慕容氏和涼州張氏之外，皆歸屬於後趙。晉咸和五年、後趙太和三年（330年），石勒改稱大趙天王，不久後稱帝。晉咸和八年、後趙建平四年（333年），石勒去世，太子石弘繼位，石勒侄子石虎為丞相、魏王、大單于、總理國政。
次年十一月，石虎廢黜石弘，自立為居攝趙天王，遷都鄴城（河北臨漳），並將石勒子孫全部誅殺殆盡。晉鹹康三年、後趙建武三年（337年），石虎稱大趙天王。晉永和五年，後趙太寧元年（349年），石虎稱帝，同年四月，石虎病死。
石虎是十六國期間有名的暴君，在他統治的十多年間後趙兵戈不息、差役繁重、刑法嚴酷，中原殘破不堪，人民困苦。石虎死後，諸子紛爭，石氏內訌接二連三展開，最後石虎的養孫石閔（即冉閔）趁石氏內亂之際，於晉永和六年（350年）殺後趙最後的皇帝石鑑，滅後趙，建立冉魏政權。
五、諸燕：前燕、後燕、南燕、北燕，都是出於遼東慕容鮮卑（北燕是慕容氏高句麗養子在漢族權臣的操控下建立）。早在晉永嘉元年（307年），慕容氏首領慕容庾就自稱大單于，建都於大棘城（遼寧朝陽），並接受晉朝的官職爵位，建立了慕容氏政權的雛形。
晉咸和八年（333年），慕容廆去世，其世子慕容皝即位。晉鹹康三年（337年），慕容皝在北方大亂局面中建國號為燕，自稱燕王，改稱都城大棘城為龍城，並先後擊破遼東其他地方政權夫餘、高句麗，攻滅了同屬鮮卑的宇文部、段部，成為中華北方可以抗衡當時的霸主後趙石氏的強大地方勢力。這一年就是鮮卑慕容氏“諸燕”政權的肇始之年。
晉永和四年（348年）慕容皝去世，子慕容儁繼位，於次年攻破後趙幽州，遷都薊城（北京）。晉永和八年（352年），慕容儁在和冉魏的爭鬥中大獲全勝，擊敗並消滅了冉魏，獲得傳國玉璽（其實是假貨），於是拋棄了晉室旗號，自稱大燕皇帝，改元元璽，這即是前燕立國之始。晉升平元年、前燕元璽六年（357年），慕容儁遷都鄴城，檢搜境內人口，想搜刮步騎兵滿一百五十萬，攻滅東晉和前秦政權，但是沒有達成心意。
晉升平四年、前燕光壽四年（360年），慕容儁去世，太子慕容暐繼位，在叔父慕容恪、慕容垂、慕容德等人的輔佐下治理國家。七年後慕容恪病逝，東晉權臣桓溫想趁燕國不穩的情況北伐中原，但是在晉太和四年、前燕建熙九年（369年）被慕容垂擊敗於枋頭一役，桓溫狼狽逃回南方。但是前燕內部同樣開始內訌，逼迫慕容垂等人出逃前秦，前燕國勢大衰。
晉太和五年、前燕建熙十年、前秦建元六年（370年），前秦主苻堅遣王猛征討前燕，連戰連捷，大破燕軍，攻克鄴城，燕帝慕容暐被俘，前燕滅亡。
十四年後，晉太元九年、前秦建元二十年（384年），在前秦主苻堅上一年大舉南征東晉卻大敗而回、國家混亂動盪的局面下，投靠前秦已經十餘年的前燕宗室慕容垂（慕容皝之子、慕容儁之弟）在河南自稱大將軍、大都督、燕王，重建燕國，改元燕元，史稱後燕。晉太元十一年，後燕燕元三年（386年），慕容垂正式稱帝，定都中山（河北定州），此後慕容垂先後消滅割據河南的翟魏、同屬鮮卑慕容氏宗室建立的西燕，基本恢復了前燕鼎盛時期的疆域。
晉太元二十年，後燕建興十年，北魏登國十年（395年）四月，因為和立國河套一帶的北魏為了爭奪土地牧場而產生矛盾，慕容垂令太子慕容寶率軍八萬出擊北魏，不料卻在參合陂之戰中慘敗於北魏，燕軍被坑殺四五萬人，元氣大傷。次年慕容垂親征北魏，雖然獲取勝利，但是慕容垂年老不能支撐高強度作戰，於四月間病逝於返軍途中。
太子慕容寶即位後，庸碌懦弱、不能服眾，後燕內部矛盾重重，這給了北魏可乘之機。晉隆安元年、後燕永康二年、北魏皇始元年（397年），魏道武帝拓跋珪率步騎四十萬攻後燕，奪取了晉陽並圍困燕都中山，慕容寶棄守中山突圍逃往舊都龍城（遼寧朝陽），後燕宗室慕容詳、慕容麟死守中山，並先後稱帝。十月，魏軍攻克中山，河北諸地都歸於北魏，後燕疆土至此被截為兩段，互不連線。
晉隆安二年、後燕永康三年（398年），慕容寶在龍城被貴族蘭汗弒殺，其子慕容盛殺蘭汗自立。後來慕容盛又被臣子所殺，慕容垂幼子慕容熙繼位。晉義熙三年、後燕建始元年（407年），後燕大臣漢人馮跋等殺慕容熙，擁立慕容寶養子慕容雲繼位（高句麗人，本名高雲），後燕實際上滅亡，慕容雲政權稱為北燕。
晉義熙五年、北燕正始三年（409年），北燕主高雲被寵臣離班等殺害。事後馮跋平定了叛亂，被眾將推為大燕天王，成為北燕實際統治者。馮跋繼位後與柔然、契丹、東晉、劉宋均保持友好往來關係，鞏固在遼東的統治，北燕政權因此維持了偏安局面達二十多年之久。宋元嘉七年、北燕太平二十二年（430年），馮跋病故，其弟馮弘殺死馮跋太子馮翼，自立為帝。
馮弘繼位後，北方北魏政權已經顯露了統一北方的企圖，開始對各割據政權用兵，而北燕首當其衝，至宋元嘉十三年、北魏太延二年、北燕太興六年（436年），北燕在北魏的連續進攻下連連失敗，國土不能保全，於是馮弘在當年棄守龍城，投奔高句麗，但是被高句麗將其全族殺害，北燕滅亡。
後燕被北魏攻克國都中山、分為兩截時，後燕河南守將慕容德（慕容皝幼子，慕容儁、慕容垂之弟）佔據滑臺（河南滑縣）自立為燕王，不再聽從慕容寶的節制。後來北魏攻克滑臺，慕容德率殘軍向東攻擊青州、兗州之地，獲取了山東部分土地。於是慕容德在晉隆安四年于山東稱大燕皇帝，建都廣固（山東青州），改元建平，這即是南燕政權。
晉義熙元年、南燕建平六年（405年），慕容德去世，因為沒有兒子，所以由其侄慕容超承襲帝位。晉義熙五年，南燕太上五年，（409年），東晉大臣劉裕北伐，準備消滅割據山東的南燕。慕容超所派出的阻擊軍隊都被晉軍擊敗，晉軍直抵廣固城下，四面合圍。晉義熙六年，南燕太上六年（410年）正月，廣固在晉軍的強大攻勢下被攻破，慕容超被擒獲後送到建康斬首示眾，南燕滅亡，慕容超也是十六國慕容氏政權最後的君主。
六、前秦：晉咸和八年、後趙建平四年（333年）後趙石虎把關中豪強及氐族、羌族酋長遷徙到關東，其中氐族首領符洪被授為都督，率氐、漢各族流民遷居枋頭（河南汲縣）。之後後趙滅亡，關隴流民相繼準備返回關中，符洪此時稱大都督、大單于、三秦王，準備率部眾十餘萬西返關中，但是還沒有出行就被政敵毒死，子符健繼承其位，以晉徵西大將軍的名義入潼關，並於晉永和七年（351年）佔據長安，自稱大秦天王、改元皇始，國號秦，即前秦政權。
苻健死後，兒子符生繼承王位，因為殘暴乖戾、致使國內官民百姓厭惡之極，晉升平元年、前秦壽光三年（357年），符生堂兄苻堅在諸多大臣的支援下殺符生自立為王。在苻堅在位的前二十年裡，前秦政局安定，國勢強大。苻堅重用王猛，開始了統一北方的程序，先後滅前燕、前涼、代（北魏前身）、仇池，收復西域各國，至晉太元七年、前秦建元十八年（382年），前秦已完全統一北方，和東晉隔江對峙。
第二年，志得意滿的苻堅發動百萬大軍，大舉南侵，準備消滅東晉，統一全國，但是在十月間的淝水之戰中，前秦大軍被東晉北府兵擊敗，同時前秦軍隊內的諸多其他部眾也趁機自立，苻堅狼狽逃回長安，前秦百萬大軍十去七八。
淝水之戰後，前秦四分五裂，丁零、鮮卑、羌等各族紛紛起兵反抗前秦。鮮卑慕容氏起兵後在首領慕容衝（慕容儁之子、慕容暐之弟）率領下圍困長安，苻堅在晉太元十年、前秦建元二十一年（385年）留太子符宏守城，自己出逃五將山（陝西岐山），被羌族首領姚萇所擒殺，符宏得知後棄守長安，率數千人出城逃跑，投奔東晉，慕容衝佔據長安，前秦名存實亡。但是前秦的殘餘勢力一直堅持到晉太元十八年，前秦太初九年（394年），最後的前秦國主、苻堅族孫符登和後秦作戰失敗被殺後，前秦才宣告滅亡。
七、後秦：晉永嘉元年（307年），西羌部落的一支在首領姚戈仲帶領下從赤亭（今甘肅隴西）遷徙到榆眉（今陝西千陽）一帶居住，自號晉護西羌校尉、雍州刺史、扶風公。晉咸和八年、後趙建平四年（333年），在後趙石虎把關中豪強及氐族、羌族酋長遷徙到關東的過程中，姚戈仲也被授予西羌大都督的的封號，率部屬數萬人東遷到清河灄頭（河北棗強）。後趙滅亡後，姚戈仲遣使向東晉請降，接受了晉室的官爵。晉永和八年（352年），姚戈仲病逝，長子姚襄繼承西羌首領之位，並斷絕了和東晉的聯絡。晉升平元年、前秦壽光三年（357年），姚襄在率部西返關中的途中和前秦交戰於三原（陝西三原），姚襄戰死，其弟姚萇率殘部歸降前秦。
姚萇歸降前秦後，作為苻堅的得力戰將，屢屢為前秦建立戰功，頗得苻堅信任。但淝水之戰前秦大敗後，姚萇也加入了反擊前秦的行列中，於晉太元九年、前秦建元二十年（384年）自稱大將軍、大單于、萬年秦王，於北地（陝西耀縣）建立了政權，史稱後秦。次年，苻堅被姚萇在五將山擒殺，西燕慕容氏（慕容衝、慕容永）攜三十餘萬關中鮮卑離開陝西東歸併州後，姚萇趁機佔據長安，改稱皇帝。
晉太元十八年、後秦建初八年（393年），姚萇病死，太子姚興繼位。姚興在十六國君主中以有作為著稱，在關中地區採取了諸多鞏固經濟發展、消除社會負擔的政令，後秦國力恢復很快，姚興相繼打敗前秦殘餘勢力、佔據關隴，又趁西燕敗亡而取得河東，並降服西秦、滅後涼，攻佔東晉洛陽，一時間後秦在諸國中最為強盛。
但姚興晚年醉心於佛教，後秦境內佛寺大興，國用逐漸不足。姚興開始增收關市之稅、山川樹木、鹽澤礦業無不加賦，後秦百姓負擔加重，國勢頹顯外露。
晉義熙十二年、後秦弘始十八年（416年），姚興去世，太子姚泓繼位，東晉權臣劉裕為了顯示對朝政的控制，於是發兵北伐，姚氏子弟在姚興去世後為了爭奪權力而內訌不已，無法凝聚人心對抗晉軍，劉裕先後率軍收復洛陽、潼關，於晉義熙十三年、後秦永和二年（417年）七月抵達長安，圍攻後秦都城。八月，姚泓被迫在晉軍的攻勢下出城投降，後秦滅亡。
八、西秦：鮮卑乞伏氏早在漢魏時期就從漠北出陰山，遷居隴西。前秦苻堅在位時，乞伏氏酋長乞伏司繁被任命為前秦鎮西將軍，駐守勇士川（甘肅榆中）。苻堅敗於淝水後，乞伏氏族長、乞伏司繁之子乞伏國仁於晉太元十年（385年）背前秦自立，稱大將軍、大單于、秦河二州牧，在勇士川築苑川城為都城。
之後乞伏氏先後經歷了乞伏國仁、乞伏乾歸、乞伏熾磐、乞伏暮末等首領，王號先後改為河南王、秦王。晉隆安四年、西秦太初十三年（400年），乞伏乾歸敗於後秦，從此成為後秦屬國。晉義熙十年、西秦永康三年（414年），西秦擊滅南涼，乞伏熾熱磐改稱秦王。
宋元嘉八年、西秦永弘四年（431年），西秦末代國主乞伏暮末屢屢被北涼侵掠，於是準備東歸北魏，但是在南安（甘肅隴東）遭遇赫連夏阻擊，西秦山窮水盡，不得不獻城投降，乞伏暮末出降，西秦滅亡。
九：夏（赫連夏）：晉太元十六年（391年），匈奴劉衛辰部被北魏攻滅，劉衛辰被殺，其子劉勃勃逃離生天投奔後秦。姚興授予劉勃勃安北將軍、五原公的官爵，讓他鎮守朔方（陝西延安）。但是劉勃勃站穩腳跟後開始向後秦展開攻擊，於晉義熙三年（407年）自立為王，建國號夏，改元龍升，自稱大夏天王、大單于，改姓赫連，自稱赫連勃勃。
夏國立國之初不立都城，流動作戰，時時襲擊後秦。晉義熙九年、夏鳳翔元年（413年），赫連勃勃才發民夫十多王築造統萬城（陝西靖邊北部），作為國都。晉義熙十四年、夏鳳翔六年（418年），赫連勃勃趁劉裕攻克長安、滅後秦後急於返回建康處理政務的機會，發兵偷襲並攻克長安，追擊中殲滅了留守長安的劉裕次子劉義真所率晉軍，赫連勃勃於是遷都長安，自稱大夏皇帝。
宋元嘉二年，夏承光元年（425年），赫連勃勃病死，子赫連昌繼位，北魏趁赫連勃勃新喪連年攻打夏國，先後攻克長安、統萬城，赫連昌逃奔上邽（甘肅天水），宋元嘉五年、北魏神麚一元年、夏勝光元年（428年），北魏攻克上邽，俘獲赫連昌。赫連昌之弟赫連定率殘部數萬人逃至平涼（甘肅平涼）自稱夏帝，繼續和北魏流動作戰。宋元嘉八年、夏勝光四年（431年），赫連定襲擊並消滅了遷徙中的西秦，奪得百姓十餘萬後準備渡黃河西歸隴右，但是在渡河時被北魏屬國吐谷渾半渡而擊，夏軍全軍崩潰，赫連定被俘，夏國滅亡。
十、後涼、南涼、西涼、北涼：諸涼皆建國於涼州。東晉太元七年、前秦建元十八年（382年），前秦大將呂光率軍進擊西域。呂光沿路攻克了下焉耆、龜茲、平定西域三十餘國。次年，前秦主力大敗於淝水，無暇顧及西域獨軍，於是呂光率軍東返，率軍入駐姑臧（甘肅武威），自稱涼州刺史。之後姚萇叛前秦割據關隴，呂光和前秦朝廷隔絕聯絡。
東晉太元十一年，前秦太安二年（386年），苻堅遇害訊息傳到涼州後，呂光下令三軍縞素為苻堅服喪，然後自稱使持節、侍中、中外大都督、督隴右河西諸軍事、大將軍、涼州牧、酒泉公，改年號為太安，後涼立國。
東晉太元二十一年，後涼龍飛元年（396年），呂光稱大涼天王。東晉隆安三年，後涼龍飛四年（399年），呂光將皇位禪讓給太子呂紹，自稱太上皇，三天後去世。呂紹繼位後，庶兄呂篡殺呂紹自立，呂光之弟呂寶子呂超又殺呂篡，迎立自己的兄長呂隆為帝。
呂隆繼位後，南涼禿髮氏，北涼沮渠氏不斷進逼，又加上呂隆為立威多殺後涼豪族、名流、宗親，後涼國內人心惶惶，內外交困，百姓飢謹交迫，奔走流亡。
晉隆安五年、後秦弘始三年、後涼神鼎元年（401年），後秦發兵進攻後涼。呂隆在後秦大軍的打擊下無法抵抗，只得投降，後秦封呂隆為後秦鎮西大將軍、涼州刺史、建康公，繼續以後秦官員名義鎮守姑臧。
後秦弘始五年、後涼神鼎三年（403年）八月，呂隆害怕孤軍駐守姑臧，會被北涼、南涼趁機滅國，於是率殘餘的百官、軍隊、民眾，棄守姑臧，去涼國號帝號，遷往後秦國都長安，後秦拜呂隆為散騎常侍、建康公。後涼至此滅亡。
鮮卑拖拓跋部一支在漢魏之際從塞北遷到河西涼州，被稱為河西鮮卑，改姓禿髮氏（即拓跋氏轉譯）。晉太元十九年，後涼麟嘉六年（394年），後涼拜禿髮部首領至禿髮烏孤為廣武公，然後進位為徵南大將軍、益州牧、左賢王。但是禿髮烏孤一心擺脫後涼統治，於是謝絕封爵，自稱大部督、大將軍、大單于、西平王，年號太初，建立政權，建都樂都（今青海省樂都縣），專力經營河湟，加強和北涼聯絡，一同攻擊後涼。
南涼國主禿髮利鹿孤在晉隆安五年、南涼建和二年（401年）大破後涼，改稱河西王。晉隆安六年、南涼建和三年（402年），禿髮傉檀繼位後正式稱涼王，史稱南涼。
晉義熙十年、南涼嘉平七年，南涼國內遭遇饑荒，百姓飢窘，禿髮傉檀於是率軍出征乙弗鮮卑，以獲取糧食，太子禿髮武臺留守樂都。西秦國主乞伏熾磐乘南涼遭遇饑荒之際，突然發兵襲取樂都，俘獲禿髮武臺等南涼官員百姓萬餘人，遷到枹罕（甘肅臨夏）安置，禿髮傉檀無處可去，只能投降西秦，南涼滅亡。
東晉隆安四年，後涼天璽二年（400年），涼州大姓李氏子孫李暠被推舉為冠軍大將軍、沙州刺史、涼公，兼敦煌太守。李暠從此自立於北涼之外，在統治境內以干支紀年，改年號為庚子，此後連續多年與北涼作戰，爭奪涼州西部控制權。史稱李暠建立的政權為西涼。
晉義熙元年（405年），李暠自稱大將軍、大都督、秦涼二州牧，改年號建初，並遣人攜帶奏章，抄小路前往建康（今江蘇南京）謁見東晉朝廷，以晉臣自居。
晉義熙十三年，西涼建初十三年（417年）正月，李暠病重，留遺詔予長史、異父同母弟宋繇，叮囑其輔佐太子李歆。二月，李暠去世。李歆繼承西涼大權，並接受晉大都督、大將軍、涼公、涼州牧、護羌校尉等官職，改年號嘉興。李歆不同乃父，治國用刑過於嚴厲，又喜大造宮殿，西涼國力消耗過度，對抗北涼逐漸吃力。
宋永初元年，西涼嘉興四年（420年）六月，劉裕代晉自立，建立宋朝，宋授李歆為都督高昌等七郡諸軍事、徵西大將軍、酒泉公，李歆轉為宋臣。當年九月，北涼主沮渠蒙遜見李歆連年修造宮舍，並治國刑罰繁重，法規嚴峻，致使西涼國力衰弱，於是準備擊滅西涼。
北涼先是散佈訊息，謊稱北涼主力出征西秦，卻偷偷將軍隊調回，以製造北涼防衛空虛假象，誘使西涼來攻，而中途埋伏一舉破之。李歆果然中計，不顧其母及眾臣告誡，率軍三萬出征北涼。
西涼軍進入北涼境，先後在懷城、蓼泉兩次遭遇北涼軍埋伏，連連大敗，李歆更是在蓼泉陣亡，西涼軍大敗，北涼軍乘勝直驅西涼都城酒泉，一舉破之。西涼殘軍敗退回敦煌，擁立李歆弟李恂，稱冠軍將軍、涼州刺史，改元永建，勉力維持。
宋永初二年，西涼永建二年，北涼玄始十年（421年），北涼主沮渠蒙遜率兵來攻敦煌，李恂閉城堅守，北涼軍引水灌敦煌，李恂自料不能堅持，於是乞降，北涼不受，李恂絕望中自殺，敦煌被北涼攻破，西涼滅亡。
東晉隆安元年，後涼龍飛二年（397年），後涼建康（非東晉都城建康，而是涼州酒泉郡）太守段業叛後涼自立為涼州牧，聯合盧水胡酋長沮渠男成、沮渠蒙遜兄弟據張掖，建立北涼前身。後來段業因事殺沮渠男成，沮渠蒙遜則在晉隆安五年、北涼永安元年（401年）起兵攻破張掖殺段業，自稱大都督、大將軍、張掖攻，正式建立涼國，史稱北涼。
北涼建國後，時常和南涼協作一同攻擊後涼，同時也互相攻擊混戰，獲取利益。晉義熙六年、北涼永安十年（410年），北涼逼迫南涼放棄姑臧，退回樂都。三年後沮渠蒙遜遷都姑臧，改稱河西王。
宋永初二年，西涼永建二年，北涼玄始十年（421年），北涼滅西涼，取得敦煌、酒泉，佔據河西走廊。宋元嘉十年、北涼義和三年（433年），沮渠蒙遜去世，而這個時候，曾經存在於中原大地上的“十六國”基本上都消散在歷史長河中，就連東晉王朝也被劉宋代替十餘年之久了。
宋元嘉十六年、北魏太延五年、北涼承和七年（439年），已經一統北方的魏太武帝拓跋燾出兵北涼，北涼末代國主沮渠牧健無法抵擋北魏大軍，只得獻姑臧城投降，十六國中最後一國——北涼滅亡。但是北涼的支系佔據高昌，堅持到了宋大明四年、北魏和平元年（460年），才滅於柔然之手。
以上，就是東晉十六國的簡述歷史，由於是在倉促之間完成，或許有紀年不準、事蹟不清的情況，還請各位朋友諒解，謝謝大家。