公元221年，秦始皇統一六國，建立大秦帝國。為了加強中央集權，除在政治上實行諸多制度之外，又在文化思想領域進行限制和管控。

因受戰國時期，百家爭鳴學術討論的影響，秦國初期，學者、儒生還保留著敢於直言、辯論爭鳴的優良傳統。

公元前213年，秦始皇在咸陽為群臣和眾多儒生，大擺宴席。宴會上，眾儒生與法家代表就是否實行分封制度展開了激烈的辯論。丞相王綰、博士生淳于越等主張實行分封。而丞相李斯等人贊同郡縣制，並斥責王綰等人“師古不學今”，“教古害今”。

秦始皇對此感觸很深，支援李斯的觀點，並採納了李斯“焚書”的建議。除了秦國史書、農書、醫藥及博士所藏《詩》、《書》等書以外，各國的史書典籍、經典著作、私人藏書等，全部都要交給官府，並按時焚燬。

同時，嚴禁學術言論自由，嚴禁妄議朝政。違者將受到嚴懲，甚至被判處死刑。

就這樣，不管是都城咸陽，還是邊遠鄉村，到處瀰漫著焚書的濃煙，大批文化古籍在無情的烈火中化為灰燼，中國文化史上第一次慘烈的大浩劫從天而降。

焚書不僅使許多先秦重要典籍遭到破壞，同時，也給春秋戰國以來活躍的思想領域及理論探索者們以致命的打擊，秦代學術自由探討的大門就這樣被封閉了，先秦諸子百家文化思想融合的程序也受到阻礙。

然而，焚書還沒有完全結束，“坑儒”又隨之而來。“坑儒”是由於方士侯生、盧生等譏諷始皇而後逃走所致的。

嬴政登基之後，為了謀求長生不老，而迷戀方術，動用重金，派遣韓眾、徐福、盧生、侯生等方士，四處求尋靈丹妙藥。由於長期服用各類丹藥，秦始皇肝火旺盛，脾氣愈加暴躁。

根據秦國的法律，沒有找到仙藥的人將被處死。侯生、盧生一直在為秦始皇尋找仙藥，卻始終沒有找到，他們焦急不安。從秦始皇的喜怒無常中，他們覺得自己的末日要來了。

他們深發感嘆，像始皇帝這樣用殘暴和威權來統治國家的人，不值得我們為他尋求仙藥。於是侯生、盧生攜鉅款，悄悄逃走了，隱匿他鄉。

這件事使秦始皇十分惱怒，他暴跳如雷地說：“我招募了眾多方士，讓他們煉製並尋訪仙藥，供我服用，以使我精力充沛，能更好地治理天下。今天聽聞，徐福耗費萬金，還是沒有求得仙藥，韓眾私自逃匿，也未上報。盧生和侯生，我賞賜給他倆如此之豐厚，卻誹謗於我，說我不重德，並攜巨資潛逃。我要徹底調查此事，所有在咸陽的儒生，都要被詢問”。

於是他下令，對所有在咸陽的儒生進行審查訊問，欲查出造謠惑眾的侯生、盧生兩人。儒生們為保全自己的性命，只得相互告發，秦始皇最後把圈定的四百六十餘人，都在咸陽挖坑活埋。

長子扶蘇勸諫道：“天下剛剛安定下來，遠方的黎民百姓還沒有完全歸順依附。如今統統都要重刑處理，恐怕會引起天下百姓的不安，希望皇上慎重做出決定。”

然而，此時的秦始皇，根本聽不進別人的意見，他一氣之下，竟把長子扶蘇趕出京城咸陽，北去上郡臨視蒙恬，駐守邊疆去了。

秦始皇的“坑儒”，特別是他所坑殺的人究竟是方士還是儒生，學術界各持己見。從分析“坑儒”事件的起因來看，秦始皇所坑殺的人應該是方士；而從長子扶蘇的進諫“眾儒生都學習孔子的學說”來看，秦始皇所坑殺的又好像是儒生。

對此，眾多歷史研究者認為，從秦開始，方士和儒生漸漸走到一起，特別是那些儒生們，看到秦始皇對仙道方術如此崇信，因此，他們在討論政治制席時也借用鄒衍的五德終始說來迎合他的意圖，這樣儒生便向方士慢慢靠攏；而方士們看到僅靠仙法道術不能完全滿足秦始皇的需求，尤其在政治上不如儒生，便表現出崇尚儒學的樣子。

這樣，一方面是儒生們儘量方士化，另一方面是方士為了政治權力也儘量儒生化。就此可以推斷，秦始皇所坑殺的人中間，方士為大多數，儒生為少數。

從事情的表面情況來看，“焚書”起源於秦初“師今”與“師古”的爭論，但就實際而言，它是秦始皇加強專制統治所不可缺少的手段之一。作為一個剛剛統一天下的帝國統治者，他要統一意志、統一思想、統一行動。儒生們“百家爭鳴”的學術爭論和他的統治需要背道而馳，他自然是不能容忍的。至高無上的皇權是不能夠侵犯的。

而“坑儒”則是“焚書”的繼續。如果說焚書是由於秦始皇容不得政治思想上持不同意見者，那麼，侯生、盧生等方士們沒有求得仙藥，“妄議”朝政，而被秦始皇視為是直接的背叛，這同樣是專制皇權所不能容忍的。