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撰稿 | 不語
編排 | 魚兒自己
基因編輯
是一種透過靶向修飾改造基因組的新技術。自發現以來,CRISPR/Cas9系統已成為基因組編輯庫中最強大的工具之一。儘管CRISPR/Cas9系統受到研究人員的高度讚賞,
但它也有其不完善之處。CRISPR/Cas9系統對目標識別的幾種脫靶活性和PAM要求限制了其在某些基因組序列中的應用
。因此,尋找新的基因編輯方法仍然是一個熱門話題。除了Cas9 蛋白家族外,
有研究報道Argonaute (Ago)蛋白家族,包括TtAgo和PfAgo,也具有一定的基因編輯能力
。
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在原核生物和真核生物中都發現Ago蛋白。
在真核生物中,Ago蛋白是RNA誘導的沉默複合物 (RISC)的重要組成部分
。真核生物Ago蛋白在RNA干擾(RNAi)、microRNA和piRNA介導的轉錄後沉默中起著至關重要的作用。
一些原核的Ago蛋白,如TtAgo和PfAgo,可以誘導外源基因(外源質粒或噬菌體)在gDNA的指導下降解
。然而,
TtAgo和PfAgo通常在65 °C左右發揮作用,限制了它們在哺乳動物細胞中的應用
。
據報道,來自古生菌(Natronobacterium gregoryi)的
NgAgo
是一種與TtAgo和PfAgo具有高度同源性的新Ago蛋白,
可以在37°C下誘導由短 DNA引導的目標DNA降解
。然而,其他實驗室無法證實最初論文中報告的NgAgo-gDNA編輯 DNA實驗結果。毫無疑問,NgAgo可以降低目標蛋白的表達。然而,基因編輯活動是難以捉摸的,最初的研究顯示對 DNA 目標進行基因編輯,隨後的所有研究都只觀察對RNA 的基因編輯。
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幾項研究表明,
NgAgo 可以作為DNA引導的內切核糖核酸酶發揮作用,以靶向方式切割RNA
。NgAgo-gODN系統可以切割編碼人類DYRK1A基因外顯子11的 RNA 轉錄本 。另一項研究表明,NgAgo-gDNA系統透過加速基因組RNA的衰變有效抑制乙型肝炎病毒的複製。儘管如此,在他們的研究中還沒有確定切割位點。此外,NgAgo在分散在gDNA互補序列中的位點切割 RNA,該結果尚未得到其他研究的證實。
2021年7月23號,
華中科技大學羅迪賢及南華大學胡政
共同通訊在
Molecular Biotechnology (IF=2.69)
線上發表了題為Identification of a Novel Cleavage Site and Confirmation of the Effectiveness of NgAgo Gene Editing on RNA Targets的研究論文。
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在本研究中,NgAgo在RNA中的靶標在體外和體內得到證實。然後,設計了體外RNA切割系統,並透過測序驗證了切割位點。此外,將NgAgo和gDNA轉染到細胞中以切割細胞內靶序列。
我們在體外和體內證明了NgAgo以gDNA依賴性方式靶向降解 GFP、HCV 和 AKR1B10 RNA,但未觀察到對 DNA 的影響
。測序表明切割位點位於目標 RNA 的3‘,被 gDNA 的 5’序列識別。這些結果證實
NgAgo-gDNA切割的是RNA而不是 DNA
。
我們觀察到切割位點位於目標RNA的 3',這是過去未報道的新發現
。
而恰巧的是,
河北科技大學
韓春雨
在
Nature Biotechnology
發表的研究論文就是
使用Ago蛋白進行基因組編輯
。
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韓春雨事件的時間線:
2016年5月8日
,多家媒體以一鳴驚人為題,先後報道韓春雨的論文成果;
2016年5月27日
,首個聲稱未能重複韓春雨實驗的帖子在未名空間BBS出現,作者據稱來自中科院上海分院;
2016年7月13日
,韓春雨當選為河北省科協副主席,並在當月被河北科大推薦為“長江學者獎勵計劃”候選人。
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2016年7月21日
,中科院神經所研究員仇子龍發表宣告,稱能在基因組水平看到NgAgo引起的基因編輯,並呼籲韓春雨儘快釋出NgAgo 2。0版和Smart版;
2016年7月29日
,澳大利亞科學家Gaetan Burgio發表長文,表示不能重複韓春雨論文中圖4的結果;2016年8月2日,Nature Biotechnology首次對爭議表態,“已有若干研究者聯絡本刊,表示無法重複這項研究。本刊將按照既定流程來調查此事”;
8月9日
,韓春雨應公益組織Addgene要求,釋出新版的protocol。
2016年10月10日
,北京大學分子醫學研究所教授熊敬維,北京大學生命科學學院研究員孫育傑,中科院動物研究所研究員王皓毅、李偉等13位中國生物學家聯名在媒體上公開發聲,表示無法重複該實驗結果,呼籲有關部門啟動學術調查;
2016年10月14日
,河北科技大學向媒體提供一份題為《關於輿論質疑韓春雨成果情況的迴應》的書面材料,表示學校對此事一直給予積極關注;
2016年11月19日
,Nature Biotechnology發表線上宣告,無法實現NgAgo基因編輯功能,並對韓春雨論文表達編輯關切,設定2017年1月為期限,限作者予以澄清說明。
2017年1月9日
,國家智慧財產權局1月9日釋出“視為撤回通知書”,顯示河北科技大學生物科學與工程學院生命科學系副教授韓春雨與浙江大學基礎醫學院研究員沈嘯作為發明人的“以Argonaute核酸酶為核心的基因編輯技術”專利申請被撤回。
2017年5月9日
,Nature Biotechnology線上釋出Editorial Expression of Concern(編輯部關切),表示期刊編輯部已注意到讀者對韓春雨2016年5月2日線上發表的有關NgAgo論文重複性的擔憂。
2017年8月3日
,《Nature Biotechnology》釋出宣告,撤回韓春雨團隊2016年5月2日發表在該期刊的論文。據悉,
韓春雨主動申請該論文撤回
。
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2018年8月31日晚
,河北科技大學官網釋出《學校公佈韓春雨團隊撤稿論文的調查和處理結果》,該公告認為撤稿論文已不具備重新發表的基礎,
未發現韓春雨團隊有主觀造假情況
。
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2018年9月1日晨
,河北科技大學生物生物科學與工程官網釋出《韓春雨就公佈撤稿論文調查處理結果表態》。
韓春雨表達了歉意,並對同行學者和社會的關注表達了感謝
。