如此一場規模巨大，氣勢如虹的起義，卻在1864年畫上了句號，而其領導者洪秀全也在同年去世。對於洪秀全的死亡原因，有許多種說法。

第一種說法是，洪秀全是中毒而亡的。在清朝官兵圍攻天京之時，形勢極為嚴峻，糧草緊缺，民心動盪，這一件又一件事情，都讓洪秀全極為焦躁。他承當著巨大的壓力，很有可能是自知已經無力挽回敗局，最終選擇了自盡而亡。李秀成作為天國後期將領，在被俘自後，自然遭到審問，在其自述中曾說過：“天王（洪秀全）斯時焦急，日日煩躁，即以四月二十七日服毒而亡。”這被曾國潘刊刻在《李秀成自述》中，其後半部分中說：“天王之自殺，更令全域性混亂。”曾國潘在上奏有關太平天國運動的奏摺中，言及洪秀全，也說到：“首逆洪秀全實系本年五月間，官軍猛攻時，服毒而死。”

第二種說法是重病而亡。1864年3月，天京合圍後，城內糧食不足。在這樣的情況下，官兵們唯有吃草團充飢，洪秀炫更是帶頭吃“甜露”（草團），所以很有可能是因為吃了這個東西，最終身患重病，最終致其死亡。

洪秀全的原配為賴蓮英，又名賴氏妹，軒轅黃帝168代孫女，賴叔頴國君第112代孫女。跟隨洪秀全入廣西桂平揭竿起義，協助天王訓練女兵成為洪秀全之好助手，女兵將領。除了原配賴蓮英外，洪秀全還有一位天妻，當然這仙妻是洪秀全為了宣揚自己的神聖性，而虛構的一個人物，是不存在的。而在定都建國之後，洪秀全安於享樂，貪淫無度，後宮娶了眾多女子。洪秀全宮中的女子約有千人，大部分都是江浙佳麗。洪秀全後宮的體制為設王后一人，王后統轄娘娘一人，愛娘兩人，嬉娘兩人，女吳娘兩人，俱位列上等。各個王府中，各有好女四人，妙女八人，姣女十六人，姱女二十人，妍女二十四人，女多 女二十八人，媌女三十二人，娟女三十六人，媚女四十人，也按一至九品分為等級。天王有妃子二十四人，每個妃子又各管轄炎頁（好幾個字我不知道念什麼就這麼打了）女四人，女宅 女四人，娃女四人，女合 女四人，按一至五品分等級。此外還有元女詩人，妖女詩人，分別定為六、七品。

洪秀全共有五子：長子洪天貴福，二子洪天曾，三子洪天光，四子洪天明，五子洪天佑。

長子洪天貴福為幼主，天京城破後和李秀成一起逃亡被捕獲，後被殺。

二子洪天曾，幼夭。

三子洪天光，四子洪天明為“庶子”，洪天光的母親為“第十二妻陳氏”，洪天明母親則為第十九妻吳氏。城破後，本與兄長洪天貴福一起逃亡。可李秀成表示只能護幼主一人，兩人被扔在原地，其後下落不明。有人說兩位很有可能隨同母親一起，逃亡了南洋。

幼子洪天佑，天京事變後被過繼給楊秀清，稱為“子侄”，封為幼東王，成為太平天國第一朝官。天京陷落後，下落不明。