在坐鎮東江之時，取得鎮江大捷，一道由袁可立設計的海上防線，在毛文龍手上發揮了極大的作用，有效的阻止了敵人對大明朝領土長驅直入的騷擾 。

後來明軍與清軍發生寧錦大戰，正是因為毛文龍襲擊昌城、遼陽，才迫使了後金再次回師。而袁從煥也在“寧錦大戰”以後為他請功：“孰知毛文 龍徑襲遼陽，旋兵相應，使非毛帥搗虛，錦寧又受敵矣！毛帥雖被創兵折，然數年牽制之功，此為最烈！”

毛文龍緊緊咬住了後金這條大虎的尾巴，像是一顆堅韌不拔的釘子，用著清軍眼中的“弱兵”，阻擋了後金官兵南下的步伐。當時的後金人對於毛文 龍可謂是恨極惡極，整日裡都想將毛文龍活捉，十倍報之。就是這樣一個有效阻止後金侵擾明朝的大將，沒有死在四人手裡，最後卻死在了自己人手 下。

作為毛文龍上司的袁崇煥，後來以十二條罪狀，將毛文龍捉拿斬殺。袁崇煥斬殺毛文龍事件，因為其極大的影響，使得後世人一直存在著極大的爭論 。毛文龍到底該不該殺？

認為不該殺的人，大抵都是這樣的原因。從毛文龍的功績上講，他對於後金軍隊的遏制是絕對的，只看幾個大戰役就足以看見他作為一名將領的出色 之處。而毛文龍原上司袁可立設定的海上防線，也在毛文龍手上發揮了重要作用。

在袁可立斬殺毛文龍三個月後，三個月後就發生了女真軍兵臨京都城下的“己巳之變”——後金約十萬精兵繞道內蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都 北京。三年以後，海上防線徹底崩潰，後金軍隊由此可長驅直入，直抵關隘。

甚至在斬殺看毛文龍後不久，孔有德、耿仲明率部投降清太宗皇太極，成為日後清軍強大的武裝部隊。這可說是袁崇煥殺毛文龍始料未及的後果。

當時明朝劉宗周上疏，以為“己巳之變，坐誤國者，袁崇煥一人。小人競修門戶之怨，異己者概坐以崇煥黨”。

而贊成袁崇煥斬殺毛文龍的人，是這樣認為的。毛文龍的確在抗擊後金官兵方面，作出了重要的貢獻，但是其人驕橫跋扈，不聽上級指揮，甚至很多 時候到了罔顧王法的地步。這樣一個不安定因素，要是他們是毛文龍的上級，也會想辦法將其除去。

而且毛文龍貪斂軍餉，殺遼東平民冒敵充公，不服上級管教，獨佔一方，怎麼都有點割據軍閥的特點。所以很多人猜測，毛文龍當時雖然表面上還服 從明朝管教，但未必沒有想要割據一方的心思。而且後來還出現了許多毛文龍與清朝書信往來，結合他叛敵的部下，很有可能毛文龍本人早已有了這 種心思。

毛文龍沒有叛敵是肯定的，但是說他沒有錯也不對，畢竟一個不服上級管教的將領，哪個上級都不會喜歡。所以毛文龍此人該殺不該殺，全看各位看 官個人喜好，小編並不能給個正確的判定，只有將各方理由擺出來，作為判斷依據。

毛文龍死後，後世有人為其寫詩祭奠。

《寄東江毛總戎文龍》——錢謙益

鴨綠江頭建鼓旗，間關百戰壯軍威。

青天自許孤忠在，赤手親擒叛將歸。

夜靜舉烽連鹿島，月明傳箭過鼉磯。

紛紛肉食皆臣子，絕域看君臥鐵衣。

《挽毛大將軍詩》——吳國華

昨夜營星色黯然，訃音忽向路人傳。

但嗟韓信成擒日，不見蒙恬禦敵年。

功業已沉沙磧雨，精靈猶鎖海門煙。

好收戰骨鴟夷裡，歸葬西湖嶽墓邊。