在上古洪荒時期，由於各族紛爭不斷，於是天道顯化，化身為鴻鈞老祖降世，不僅傳授普天生靈以修煉法門，更是收盤古、太一和女媧為徒，待這三位徒弟修煉有成後，鴻鈞老祖便傳下三道法治，讓盤古開天闢地，女媧造人造物，太一治世教化；其中盤古開天闢地後犧牲，身化萬物，其中元神化為三清，而精血與濁氣結合後化為巫族。

而太一領命之後，便與兄長帝俊一同征戰洪荒，在經歷了無數年征戰後，征服了洪荒萬族，並將征服的這些種族並稱為妖族。但太一的任務並沒有完成，因為他還沒有完成治世教化的任務，而且說起來，在他建立天庭之時，最多也只能算是完成了一半任務，因為地面上的巫族還統御著近萬種族，論實力僅比妖族弱了一線而已。

說起來，東皇太一的任務還真不是一般的難，因為巫族就是盤古精血所化，等同於半個盤古，尤其是其中血脈最純正的十二祖巫佈下十二都天神煞大陣後，可召喚出盤古肉身，擁有聖人肉體的力量，這是讓東皇太一最為忌憚的。正兒八經說起來，其實任務最輕鬆的還是女媧娘娘了，女媧娘娘在造人造物以及補天之後，終於功德圓滿，成為第一個天道聖人。

也因此，在東皇太一建立妖族時，將師姐女媧娘娘尊為妖族之祖，而自己僅為妖皇而已；對此，女媧娘娘也沒有拒絕，畢竟在大師兄盤古犧牲後，同門之中也只有這位小師弟了，而且女媧娘娘還將自己所造的人族也歸入了天庭麾下，成為妖族的附庸。在女媧娘娘之後，三清及西方的接引道人和準提道人也先後成聖，天道所賜的聖位只有兩個了，所以東皇太一為自己，也為哥哥，必須要爭一爭了。

所以縱然勝算不大，東皇太一依然決定發動巫妖大戰；東皇太一利用巫族好戰的性格，頻頻挑起巫族內鬥，使得巫族十二祖巫中的共工、祝融先後戰死，而後又讓十個侄子下界挑釁，之後發生了“夸父逐日”、“后羿射日”等故事；面對妖族的挑釁，巫族忍無可忍，雖然實力略有不如，但生性好戰的他們，毅然詔令部屬附庸，揮兵伐天。

史上最慘烈的巫妖大戰，由此爆發；雙方實力非常接近，所以註定是一場曠日持久的大戰。雙方打得那叫一個天崩地裂、山河無色，洪荒雖大，但卻是屍骸滿地，空留無盡孤魂冤鬼在世間飄零；但不知為何，巫妖大戰哪怕在最後的大決戰時刻，作為妖祖的女媧娘娘都沒有出現，坐視天庭被毀，妖族衰敗，有人說是女媧娘娘成聖之後，視天下蒼生為螻蟻，早已不管凡塵俗世。

但事實是這樣嗎？其實不然，這點從封神大戰就可以看得出來，三清聖人皆是非常護短的存在，所以說女媧娘娘冷血無情是不對的，而且女媧娘娘作為妖族之祖，受無數妖族供奉和敬仰，這可是聖人極為需要的，所以於情於理，女媧娘娘都不應該置妖族生死不顧，那女媧娘娘坐視妖族衰亡，乃至師弟太一自爆，又是為何呢？

其實也很簡單，因為另外五個聖人不希望妖族做大，女媧娘娘做大，所以在巫妖大戰期間，太上老君、元始天尊、通天教主、接引道人以及準提道人聯手出現在媧皇宮，將女媧娘娘堵得死死的，不讓女媧娘娘有出手救妖族的機會；而妖族實力本是強於巫族的，為何最終會被巫族擊敗呢？這裡面也有五大聖人的算計，否則東皇太一的東皇鐘不起作用呢？

總之一切的結局，就是東皇太一和帝俊戰死，天庭毀滅，妖族萬載基業毀於一旦；而巫族雖然勝了，但也不好過，十二祖巫中，僅后土得以倖免，後化身六道輪迴，永鎮地府。最終摘得巫妖大戰勝利果實的卻是人族，其實這也是理所當然，因為人族雖然有潛力，但發展起來太難，所以對聖人們形不成威脅，而且因為人族是新興的種族，且繁衍能力極強，所以便與傳播信仰。